https://wiki.ubuntu.com/WubiGuide#How do I manually uninstall Wubi?
によると、
C:\ubuntu
C:\wubildr*
を削除すればよいとのことです。
レジストリキーの
HKLM\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Uninstall\Wubi
も削除することでアンインストールリストから消せるようですが、今回はなにかの問題で表示されなくなっているようなので実行する必要はなさそうです。

が、そのすぐ下の、
How do I reinstall Wubi?
の項には、上書きインストールしようとすると、自動的に古いものを検出してアンインストールしてくれるようなので、まずは上書きインストールを試してみて下さい。

Windowsから見た、Dドライブにwubiをインストールしたことがありますが、自分の環境では、アンインストールリストに登録されない、あるいは、アンインストールできないという症状はありませんでした。

インストール時になんらかの理由でレジストリに登録するのに失敗していたか、レジストリの整理ソフトのようなもので消してしまったかのどちらかだと思います。

起動時に複数のUbuntuが表示される件については、Windows側から起動オプションファイルを操作する必要がありますが、XPの場合しか判らないです。
XPの場合は、マイコンピュータのプロパティから詳細設定タブを選択し、起動と回復の設定を選択し、起動オプションファイルを手動で編集するを選択して、重複行を消せばよいのですが、Vistaではbcdeditというwindowsのツールから設定する必要があるそうです。

http://www.atmarkit.co.jp/fwin2k/win2ktips/1110bcdedit/bcdedit.html
http://technet.microsoft.com/ja-jp/library/cc721886(WS.10).aspx
http://www.atmarkit.co.jp/flinux/rensai/linuxtips/a013dualbootvista.html

ちょっと見た感じでは割と複雑そうであり、編集を間違えるとWindowsやUbuntuが起動しなくなるためそのままの状態で使用するのが安全かと思います。
どうしても気になるようであれば十分調査の上ブートメニューを編集して下さい。