私も同じ現象です。
10.04インストール後、lubuntuをインストール。
その後、ubuntu上で小さなWindowが一瞬（枠と中は黒のみ）が表示されては消える状態。
※フラッシュしている感じ

lubuntu上では、そのWindowのタイトルが読めました「名称未設定」。
このWindowが1秒単位で開いて直ぐ閉じるの繰り返しで、選択することも出来ません。
どなたがアドバイスを頂けると幸いです。

ベテランではないので恐縮ですが。。

自宅でKubuntu 10.04(amd64)にLXDE環境も入れていますが、そのような症状は見られなかったと思います。
今、仮想マシンにlubuntuのLiveCDを突っ込んで試してみましたが、現象は再現しませんでした。

なので、なにが起きているのか皆目見当も付きませんが、Lubuntuでメニューの中のシステムのタスクマネージャを起動して、頻繁に現れたり、消えたりしているプロセスの名前を見つけて投稿いただけると、なにか知っている方からフォローがつくかも知れません。

追記：
タスクマネージャーを見ていたのですが、何も現れずでした。
あと、たまに発生しない時もありました。