活線抜き差し可能なeSATAカードを使用したいのですが、 デバイスドライバはAutoインストールされますか　?

Linux で使えるか。Ubuntu で標準的に対応しているデバイスドライバがインストールされるかは
「使用されるeSATAカードによる」としか言えません。

私の場合、ラトックのREX-PE32Sを特に何もせずに Ubuntu10.04　で使っています。
eSATA HDDは保存データー用でホットプラグは殆ど使ってないですが。

http://www.ratocsystems.com/products/subpage/pe32s.html

この商品で接続された eSATA HDD から Ubuntu が起動できるかは私も知りません。