日本語入力には何を使用されていますでしょうか。9.04ならscim-anthyでしょうか。
端末を開いて、
$ aptitude search scim | grep ^i
として表示されるものを投稿下さい。
また、
$ echo $LANG
$ echo $GTK_IM_MODULE
$ echo $XMODIFIERS
$ echo $QT_IM_MODULE
$ echo $XIM_PROGRAM
なども投稿願えますか(あまり意味が無いかも知れないものも含まれますが。。)


以下、余談です。

投稿する時間が無くなってしまって今になりますが、今朝でがけにちょっと試してみました。
Kubuntu(Lucid)で、ですが、Kileも正常に日本語が取り扱えるようです。
Kateなどで日本語入力に問題がでていたため、KDE関連はKubuntuのPPAから最新版を入れているので、デフォルトでも動作するかは確認できていません。
また、別の問題としてdvfpdfmxがエンバグしているようで、
https://forums.ubuntulinux.jp/viewtopic.php?id=8281
の対処をする必要がありました。
# 最初これが見つけられずに時間が無くなってしまいました。。

ということで、少し手間がかかる可能性もありますが、ごく簡単なLaTeXは変換できることまで確認できているので、この機会にLucidに上げてしまうのはいかがでしょう。Jauntyも残り数ヶ月となりましたのでご検討下さい。