解決されたようでおめでとうございます。
おそらくUbuntuが起動できなくなったあと、Ubuntuをもう一度インストールしたときにパーティションのリサイズがかかって、その際に別の問題が発生し、パーティションの構成情報がおかしくなったため、見るOSやソフトによって見え方が変わったりフォーマットできなくなったりしていたものだと思われます。
できればパーティションの切り直しからやり直した方がよかったと思いますが、大容量のバックアップをとる方法、機器がなかったということでしょうか。
現在、一応は正常に動いているようなので、そのまま様子を見るのもよいのですが、パーティション構成情報がなにかおかしなことになっているままかも、ということだけ記憶に止めておいていただければと思います。