Ubuntuの標準はGNOME総合デスクトップ環境です・・・
そのソフトはKDE総合デスクトップ環境用です・・・
相性を考えると正反対なので、それはKDEにデスクトップ環境を変えることぐらいしかないと思います。
GNOME向けのソフトを使うのが一番良いと思います。（ほかのソフト。）

あ～、う～ん。話を蒸し返すのもアレとは思いますが、間違った認識が広まるのも困りますので。

KDEのソフトウェアも、GNOMEデスクトップ環境でまともに動きます。また、GNOMEデスクトップ環境のためのソフトウェアも、KDEでまともに動きます。これは、ここ5年くらい、双方の開発者が歩み寄りをしつづけてきた結果、と伺っています。

うちの環境 （Ubuntu Studio 9.10 + カーネル Linux 2.6.31-rt + GNOME 2.28.1 + KolourPaint 4.3.5） もしくは仮想環境（Ubuntu 10.04 + カーネル Linux 2.6.32-generic + GNOME 2.30.2 + ColourPaint4.4.2）だと、特に外観設定のテーマは変わるようなことはありませんでした。

この手の質問をする際は、お使いのUbuntuのバージョン、GNOMEのバージョン、問題を抱えているソフトウェアのバージョンなどを具体的に示して下さい。また、外観設定のテーマが変わるということについても、kolourpaintに対してどのような操作をすると、外観設定がどのようになるのか、など、具体的に示していただけると、こちらもサポートしやすいです。

なお、パッケージ「kde-l10n-ja」を導入すると、KolourPaintが日本語訳されるので便利かと思います。

MocchiさんLinuxBeginnerさんありがとうございます。
これから質問をするときは具体的に詳しく記すよう気をつけます。みなさま失礼致しました。
　ubuntu 10.04 kolourpaint 4.4.2で、kolourpaintを起動すると外観の設定がnew waveだったのがクリアールックスになってしまうという現象です。ただ外観の設定を起動すると選択されているのはnew waveになっています。（見た目クリアールックス、設定new wave）なので再度radianceを選んでからnew waveを選ぶと、上下にあるパネル等はnew waveになりますがフォルダのアイコンはクリアールックスという現象でした。（PC再起動で通常の状態に戻る）分かりづらい文面で申し訳ありません。
　kolourpaintのバージョンを調べるため起動したのですが上の現象が起きませんでした。何かした覚えは特に無いのですが、、、みなさまお騒がせ致しました。
＞パッケージ「kde-l10n-ja」を導入すると、KolourPaintが日本語訳されるので便利かと思います。
Mocchisさんやさしいお気遣いありがとうございます。おかげさまでとっても使いやすくなりました。