Ubuntuにデータが残っているとのことですが、以前はUbuntuが起動していたのでしょうか。
Ubuntuが起動しなくなった直前になにがあったか、できるだけ詳しく説明願います。

なおWindows側が起動するのであれば、Wubiだけの問題なので、Windowsの再インストール等は不要です。
C:\boot.ini
の内容を投稿してみて下さい。
隠しファイルやシステムファイルを表示する設定にしないと見えないかもです。
アクセサリからコマンドプロンプトを開いて
> type C:\boot.ini
としても見れるかも。

また、この最後の方に、
c:\wubildr.mbr="Ubuntu"
のような感じの表記があるかと思います。
上記の例で言うと、Cドライブの直下にwubildr.mbrというファイルが存在するかも確認願います。

# もし、カーネルの更新後に起動しなくなったとかであれば、
# http://sourceforge.net/apps/mediawiki/bootinfoscript/index.php?title=Boot_Problems:Wubi_9.10
# から修正版のwubildrを入手して置き換えれば直るかも知れません。
# が、こちらはちょっと確認してからの方がよいかと思います。

(恐らく)削除してしまったwubildrとwubildr.mbrが「ゴミ箱」に残っていたりしないでしょうか。
残っていればそれを元の場所に戻してください。
wubildrだけなら先述のURLからダウンロードできるのですが、wubildr.mbrはちょっと探したところでは見つけられませんでした。
ゴミ箱に残っていない場合は、

1. どこか信頼できる場所からwubildrとwubildr.mbrを探してきてCドライブ直下に配置する
2. 作業用Windows PCが用意できるのであれば、そちらにいったんwubiをインストールして上記のファイルをコピーする
(作業用PCの方は、役目が終わったらwubiをアンインストールしてかまいません)
3. Wubiのインストール先が把握できていれば仮想HDDイメージファイルを安全な場所にコピーして、wubiをアンインストール後、再インストールして、wubiでのUbuntuの正常起動が確認できればWindowsを立ち上げ直してバックアップしておいたHDDイメージを書き戻す

などが考えられます。

容量の問題も有りますが C:/ubuntu /disk/root.disk    （←うろ覚え）
これを退避さしてwubiを再インストール後に入れ替えで上手くいかないでしょうか。

hir0様、ありがとうございます。hmatsue様のアドバイス３はそういう意味でしたか。それらしいディスクが見つかりましたのでそれをバックアップするのもありですね。こちらだと作業用パソコンを用意する必要も無いですし。どちらかを試してみます。ありがとうございます。