http://ambermd.org/
http://www.conflex.co.jp/prod_amber.html
のものでしょうか。
ぱっとみただけではよくわかりませんでしたが、AmberToolsという追加パッケージをコンパイルしようとしているのでしょうか。あるいは、シミュレータ(?)か数値計算プログラム(?)本体のコンパイルをしようとしているのでしょうか。

このあたりでopteron(amd64)向けにコンパイルしようとして、苦労している雰囲気のやりとりが見つかりましたが、コンパイルオプションは適切に設定されていますでしょうか。
http://archive.ambermd.org/200805/0216.html
上記のやりとりを見た感じでは32bit版としてコンパイルした方が簡単そうに聞こえます。

また、コンパイル時や、make時にエラーやワーニングがでていたりしないでしょうか。インストールマニュアルなどを参照して、コンパイル要件(ライブラリやビルドツールなど)を確認してみて下さい。

あとは、実行プログラムに対してlddを実行して、ライブラリに不足が無いか確認するのもよいでしょう。

問題は解決しましたが，根本的な問題(マシン依存性)については未だわかっておりません．

後学のため，この問題についてどなたか教えて戴けると幸いです．

マシンA + Ubuntu 10.04 = 使えない　…　条件(1)
マシンA' + Ubuntu 10.04 = 使えない　…　条件(1)'
マシンB + Ubuntu 10.04 = 使える　…　条件(2)
マシンA + Ubuntu 9.04 = 使える　…　条件(3)
マシンA' + Ubuntu 9.04 = 使える　…　条件(3)'

※マシンAとマシンA'は同じスペックのマシン．
※いずれも 64bit Server．
※インストール方法はいずれもマニュアルにある通り．

宜しくお願いします．

コンパイルの手順は
1. AMBER9.TGZ を解凍する．

$ tar zxvf AMBER9.TGZ

2. .bashrc 内で指定する．

$ vi ~/.bashrc

export AMBERHOME=~/amber9
export PATH=$PATH:$AMBERHOME/exe

$ . ~/.bashrc

2. http://ambermd.org/bugfixes90.html からパッチをダウンロードし，当てる．

$ wget http://ambermd.org/bugfixes/9.0/bugfix.all
$ cd $AMBERHOME
$ patch -p0 -N -r patch_rejects < ~/bugfix.all

3. Makefile を書き換えて，xleap (GUI) をコンパイルしないようにする．

$ cd src
$ vi Makefile

　　32行目　「cd leap; make install」→「# cd leap; make install」
　　38行目　「# cd leap/src/leap; make -f Makefile.tleap install」→「cd leap/src/leap; make -f Makefile.tleap install」
3. configure で gfortran を指定する．

$ ./configure gfortran
[ログ取得] $ ./configure > configure.log

4. コンパイルする．

$ make serial
[ログ取得] $ make serial > make.log 2> make_err.log

で，マシンB(条件(2))，及びマシンA(条件(3))では使えました．
マシンA(条件(1))で，tleap が Segmentation Fault します．

マシンAのログ　http://www.box.net/shared/3hri3azl1f
マシンA'のログ　http://www.box.net/shared/f4x3rvbve3
マシンBのログ　http://www.box.net/shared/txpab32z1y

ldd を tleap に対して行なった結果も静的リンクを用いているためか，not a dynamic executable としか表示されませんでした．

以上，宜しくお願いします．