何かアイデアや情報があるわけでは無いのですが、その情報だけでは同様の症例を見つけることができなかったので、
~/.xsession-errorsあたりになにか関連しそうなメッセージがでていないか、
xevでみるとXにクリックが認識されているか、
Xorg.0.logになにかそれらしいメッセージはでていないか、
X関連で特別設定したことはあるか、あれば、その内容、
マウスの型式や接続形式はなにか、
その他/var/log以下になにか関連するメッセージがでていないか、
などを投稿いただけますでしょうか。

前回の投稿からだいぶ経ってしまいましたが、最近ようやく原因が判明し解決しました。
原因は、ノートPCのタッチパッドの誤動作でした。

感度のせいか、触れていないのにタッチパッドが誤動作し、マウスのLボタンを押したときと同じようなエリア選択状態になっていました。
その状態になってしまうと、マウスのLボタンに反応しなくなるようです。
タッチパッドをタッチすると解除され、通常動作に戻ります。

原因がわからず、大変不便な状態でしたが、やっと快適に使えるようになりました。
アドバイスありがとうございました。