基本的にマニュアル操作でファイルを消してもよいのは、ユーザのホームに自身で作成したファイルぐらいです。
システムの軽量化を図るのであれば、パッケージマネージャで要らないパッケージを選択し、それを削除しようとしたときに依存関係で他にどんなものが消されるか確認し、それら依存関係で削除されるものまで含めて消しても問題無いか確認して削除するパッケージを決定して下さい。

その前に、まず、パッケージマネージャからキャッシュのクリアをしたり、
古くて不要になったカーネルパッケージが何種類も残っていないか確認してみて下さい。
# kernelは最新と、ひとつ古いものまでは残しておいた方が安心です。

hmatsueさん、pc944さん情報感謝します。
パッケージ・マネージャからキャッシュファイルを削除した結果7%程改善されました。