何度か読み直しましたが、不勉強なため、全体的な内容が正直よく分かりませんでした。
その、仰っている状況は、Ubuntu をインストールするときには、いつもそうなると言うことなのでしょうか？
それとも、他の Linux ディストリビューションをインストールする場合でもそうなるのでしょうか？
まぁ、コンテクスト上、Ubuntu をインストールする場合のみそうなる、と類推しますが・・・。

それと、このような極めて複雑なパーティション構成にしているのは、何か特別な理由があるのでしょうか？
パーティション分けがエラーの原因になっている可能性もありますよ。
運用上のポリシーで何か必要なのであれば別ですが、個人的な運用においては /boot パーティションを分けるのはあまり意味が無いような・・・。/ だけあれば良いのでは。
敢えてパーティションを分けるのであれば、/boot よりも /home を別にした方が良いように思います。

例えば、
hda1 Windows Xp
hda2 FAT32data
hda3 拡張パーティション
hda5 Vine5.1 /
hda6 Vine5.1 /swap
hda7 Ubuntu10.04 /
hda8 Ubuntu10.04 /swap
hda9 Fedora13 /
hda10 Fedora13 /swap
のような感じではダメなのでしょうかね。

/swap パーティションは、それぞれのディストリビューションで共用してしまっても構わないので、
hda1 Windows Xp
hda2 FAT32data
hda3 拡張パーティション
hda5 Vine5.1 /
hda6 Ubuntu10.04 /
hda7 Fedora13 /
hda8 Linux /swap
のような感じに単純化してしまっても問題ないと思います。
ただ、サスペンドやハイバネートを多用するのであれば、/swap を共有すると問題が発生するので、分けておいた方が無難でしょう。

あと、メインで使うディストリビューションに構成を合わせてはどうでしょうか？
Ubuntu をメインで使いたいのであれば、
hda1 Windows Xp
hda2 FAT32data
hda3 拡張パーティション
hda5 Ubuntu10.04 /
hda6 Ubuntu10.04 /home
hda7 Ubuntu10.04 /swap
hda8 Vine5.1 /
hda9 Fedora13 /
hda10 Linux /swap
のような感じにするのも良いんじゃないでしょうか。

どのディストリビューションも満遍なく使うというのは、通常はあまりありえないと思いますし。
察するところ、RPM 系の方が馴染みがあるように見受けられますが・・・。
私も Vine は嫌いじゃないですし(と言うか、十数年前に Linux に入るきっかけになったのは Vine ですし)、Fedora の先進性も実に捨てがたいですよね。
色々渡り歩いたのですけど、一番居心地の良いのが Ubuntu なんですよね。
それはひとえにこのフォーラムの存在が大きいんですけど。
ご自身の立ち位置を今一度確認して、パーティション構成を決定するのが一番かと思います。

petitbootang 様　　　hir0 様　回答いただきありがとうございます。

> fdisk で認識できない状態は　testdisk　で復旧後は改善されるのでしょうか？
> testdisk　で改善後は　fdisk で全て認識される？　つまり正常に運用できるのでしょうか？
testdiskをかけることにより、以前の状態のパーティションを全て認識し、その状態を
testdisk上で「Write」することにより、全て元に戻り、正常運用できます。
この「Write」後は、fdiskでの表示も正しく表示され、元通りに運用できます。

> fdisk で認識されない場所が有ってもFedoraやVineが使えるなら問題が有るのはコマンドの方でしょう。
そのままでは、FedoraやVineは使えません。
パーティションの認識がないので、GRUBエラーで起動しません。
testdiskをかけ、元のパーティション全てを認識させることによりFedoraやVineが使えるようになります。

Ubuntuのgrubに、Vineのエントリを入れても、Vineをコールできないため、
Ubuntuのインストール後、FedoraかVineのMBRを保存していたものと書き換える操作を、Live CD(Knoppix)で行うことにしております。

現況を把握しているわけでは無いのですが、このあたりはツール((DOS, Linux, *BSDの各)fdiskや、partedや、その他諸々)によってまちまちだったかと思います。
安全なのは基本パーティション3+拡張パーティション1で、拡張パーティションの中の論理パーティションは3つまでかと思います。

http://ja.wikipedia.org/wiki/パーティション
によると、

UNIX系
物理パーティションとしては1ディスク当り7つ（実質6つ）であり、仮想パーティションの場合、それぞれのLVMの上限によるが、1仮想ディスク(VG)に対して256～1024程度となっている。仮想パーティションにて作成できるパーティション総数は、Linuxのディストリビューションによって上限がかけられる場合がある（例：Vine Linux 3.2 の場合はデバイス番号16まで、Fedora Core 5 の場合はデバイス番号15までという制限がある場合がある）。
実際の仕様では、Linuxで採用されているVERITAS社（HP-UX互換）互換LVMにおいては、ソフトウェア的な制限は256（HP-UX11.0ベースのため、1024にはなっていない）となっている。

だそうです。

また、
http://www.redhat.com/docs/manuals/enterprise/RHEL-5-manual/ja-JP/Installation_Guide/s2-partitions-overview-extended-x86.html
あたりには、

Linux によるパーティションへのアクセスの仕方を考慮すると、1 つのディスクドライブに 12 個を越える論理パーティションを定義するのは避けてください。

とあるようです。

# ごめんなさい。詳細理解してはいませんが、参考情報ということで。。