やったことがありませんし、今カメラが使えない状況なので細かい説明はできませんが、
http://debianj.com/ubuntu/webcam/motion.html
のページのことでは？

1. パソコンの起動時にmotionのデーモンが起動し、動体検出するとファイルに保存します。
2. cronが定期的に実行するスクリプトで保存先ディレクトリを確認し、携帯動画に変換します。
3. 保存先ディレクトリをapache2+php5でインターネットに公開します。

リンク先にはPHPのスクリプトについて触れていませんが、インターネットに公開せずに自宅で見る場合は2と3の作業はいらないでしょう。
PHPでのプログラミングに自信があれば、録画と同時に携帯電話にメールする機能などを組み込むといいでしょう。