> １時間くらい放っておいたら、出てきました。

原因は幾つか想像できますが、あくまで想像です。

・OSインストールの失敗
・ネット環境の問題
・実メモリ等のスペック不足

現状で問題なく使用できるようになっているのでしたら良いのですが、プログラム（OS自体も含む）の不具合に曖昧な問題は起こらないので、自然に壊れたり治ったりはしないので原因を突き止めるには状況の再現がされると手掛かりが見える化も。

> Permission denied

権限が無いので端末での操作は「sudo」を付けて一時的に権限を借りるのが良く、ルートとなって操作を行う場合は操作ミスによるシステムの崩壊もそうですが、使用しているホームがログインユーザーのホームでは無い事を意識しないと忘れた頃に泣きます。

GUIでの操作も幾つか方法が有りますが、プラグインやドライバ等はツールやソフトウェアが自動で行ってくれるのでユーザーは必要に応じてパスワードを入力するだけで良いです。
手動での操作が必要な場合も有りますが、質問の内容から読み散ると、もう少しUbuntuに慣れ親しんで頂いて（少々システムを壊して再インストール等）からの方が、、、

権限以外で手作業での方法が必用でしたら、内容を詳しく書いてください。

返信が遅れてしまい申し訳ありません。
早々のご返事、ありがとうございます。

色々とありそうですが、一概には特定できないのですね。
同様の症状が出た場合は、インストールし直しなどをしてみます。
とりあえず、今のところは順調に動いてくれているので、そのまま使ってみたいと思います。

また、質問させていただく機会がありましたら、よろしくお願いいたします。