ちょっと変化球。

CフォルダにUbuntuフォルダが存在しているはずです。
その中の「disks」を開き「root.disk」を別名に変更して、どこか遠くへ、、、Cドライブでも「新しいフォルダ」にでも。

アプリケーションの追加と削除（vistaでも有るのかな？）からUbuntuを削除します。
wubiを再インストールしてからroot.disk を入れ替えます。（もちろん名前も場所も元の位置へ）。

root.diskは展開可能でありwubiのUbuntuの本体の様な物なので大事にして下さい。
データや設定等、今まで蓄積してきた物のバックアップと再現性を踏まえて再インストールが問題なければそちらの方向も良い解決策です。