確かfdiskで変更できたはずですよ。
/dev/sda がターゲットの場合。

$ sudo fdsk /dev/sda

CLIでのパーティション変更ツールが起動します。
ヘルプを見るには m を入力してエンターです。

p を入力してエンターを押すと現在の情報が表示されます。

x を入力してエンターを押すと上級者モードに移行します。

f を入力してエンターを押すと領域の順序の適正化が行われます。

r を入力してエンターを押して上級者モードから通常モードに戻ります。

p を入力してエンターを押して変更を確認します。

w を入力してエンターを押すと変更を適用して終了、q を入力すれば変更は適用されずに終了します。

えぇと、下記の操作で出来るはずですが、fdisk は大変危険なコマンドなので、十分に注意してください。
間違ったかなと思ったら、w テーブルをディスクに書き込み、終了する、を選択するまでは大丈夫ですので、q キーを押すか(q が効かないときは、Ctrl+C)で、fdisk から抜けてください。

$ sudo fdisk /dev/sda
とすると、m キーを押すと下記メニューが出ます。

コマンドの動作
   a   ブート可能フラグをつける
   b   bsd ディスクラベルを編集する
   c   dos 互換フラグをつける
   d   領域を削除する
   l   既知の領域タイプをリスト表示する
   m   このメニューを表示する
   n   新たに領域を作成する
   o   新たに空の DOS 領域テーブルを作成する
   p   領域テーブルを表示する
   q   変更を保存せずに終了する
   s   空の Sun ディスクラベルを作成する
   t   領域のシステム ID を変更する
   u   表示/項目ユニットを変更する
   v   領域テーブルを照合する
   w   テーブルをディスクに書き込み、終了する
   x   特別な機能 (エキスパート専用)

コマンド (m でヘルプ):x
と入力。
上級者コマンド (m でヘルプ): m
と入力。

コマンドの動作
   b   領域内のデータの先頭に移動する
   c   シリンダ数を変更する
   d   領域テーブル内の生データを表示する
   e   拡張領域をリスト表示する
   f   領域の順序を適正化する
   g   IRIX (SGI) 領域テーブルを作成する
   h   ヘッド数を変更する
   i   ディスク識別子を変更する
   m   このメニューを表示する
   p   領域テーブルを表示する
   q   変更を保存せずに終了する
   r   メインメニューに戻る
   s   セクタ数/トラックを変更する
   v   領域テーブルを照合する
   w   テーブルをディスクに書き込み、終了する

上級者コマンド (m でヘルプ): f
と入力。
適正化がすんだら、
上級者コマンド (m でヘルプ): w
と入力。

上記の操作をすると、場合によっては OS が起動しなくなるかも知れません。
その場合は、GRUB2 の再インストールをしてください。
/etc/fstab の修正も必要かも・・・。