favicon.ico様ありがとうございます。

PCは自作です。ディスクの台数は２台（ともに１TB)。BIOSではSCSI1 SCSI2　と認識されているようです。

また、パーティションのきり方は誤りです。正しくは・・・・

１　/boot
３  /home
４  /var
５　/
６  swap

追加ですが、この現象はVMWareでも再現しており、設定してディスクを削除すると、お話したような現象。mdadm --fail /dev/mdX /dev/hdaX　で切り離すとGRUBは出ますが起動はしません。

恐れ入りますが、今一度お知恵をお借りいただきますようお願いいたします。

weyk様ありがとうございます。

BIOSに該当するような設定項目がございませんでした。

でもただいま切り離しテストが出来て、自己解決いたしました。たぶん（本当にたぶんで恐縮ですが）SATAの接続方法に誤りがあったのだと思います。
BIOS上では「１．マスター：HDD一台目」「１．スレーブ：DVDドライブ」「２．マスター：HDD２台目」「２．スレーブ：DVDドライブ」という変なつながり方を
していたため、これをきちんと整理したのが理由・・・かと。

これからも色々な質問をさせていただくことがあるかと思います。よろしくお願い申し上げます。