私の所では正常ですが、もしかして、
キーボードレイアウトを変更しませんでしたか？
それとも、シフトキーとコントロールキーをASCIIキーボードと同様になるようチェンジしませんでしたか。

funatogawa 様へ．

解決しました！

Lxkeymap で日本のキーマップを再設定るするとこの問題は解決しました．
なお，Lxkeymap 起動時は "Current Keymap: jp" となっており，
日本のキーマップになっているようです．
再設定すると "Current Keymap: jp()" となります．

この違いの原因を探ったところ，xmodmap で Esc キーを無変換に
割り当てていたことが原因でした．
厳密に言えば，原因は xmodmap に使っていたキーマップファイルが原因でした．
このファイルは以前(11.10 以前)の Ubuntu をベースに作ったものなのですが，
以前の Ubuntu とはファンクションキーのキーマップが変更されているようです．
例えば，F1 であれば，11.10 以前は
keycode  67 = F1 XF86Switch_VT_1 F1 XF86Switch_VT_1
だったのが，12.04 では，
keycode  67 = F1 F1 F1 F1 F1 F1 XF86Switch_VT_1
になっていました．

それを 12.04 で使ったため，今回の問題が起こったようです．
今は，再度，12.04 用のキーマップをベースに作りなおしたので，解決です．

funatogawa 様のご助言で解決しました．
ありがとうございます！