ちょっと状況が見切り切れないのですが、

　・古いRed HatやDebianでは十分に速い（これはおそらく、xfsを用いることができる環境）
　・ASTEC-Xへの接続はXDMCPないしSSHベースのXフォワーディングを使っている

という状態とすると、ラフな解釈として、

　・xfsを用いてASTEC-Xが自前でフォントレンダリングすると速い。
　・Ubuntu側でFreetypeベースのグリフレンダリングが行われて、画像としてASTEC-Xに転送されてくると遅い。

ということが言えそうに思います。もしそうだとするとフォントの選択はあまり本質的ではなく、「そもそも画像として転送されてくると何故遅くなるのか」というあたりを解決してやらないといけないパターンです。仮説に仮説が載る形なのであまり良くありませんが、この問題を解決させるのであれば、

　・rexec接続にすると改善するでしょうか？
　・RENDER拡張を有効にすると改善するでしょうか？
　・Windows側のGPUドライバのバージョンを前後させてみる（最新が良いとは限らない）とどうなるでしょうか？
　・遅いのは真にフォントのレンダリングだけでしょうか？　たとえばFirefoxで画像を表示させ、スクロールした場合の速度には問題ないでしょうか？
　・ASTEC Xは8.0でしょうか？

というあたりが気になります。

このあたりに特に解決の糸口がなさそうな場合は、なんとなく、

　・頑張ってUbuntu 13.04でxfsを使ってみる
　・VMwareのUnity機能（UbuntuのUnityの話ではなくVMwareのシームレスウインドウモード）を使ってみる

という方法で、問題そのものを葬ってしまうアプローチが良さそうに思います。ただ、いまどきのUnix環境でxfsを使うのは対応アプリケーションの面で極度に不毛なので、xfsを使うアプローチもあまり良いとは思えません。Ubuntu側でどうこうということをしても本質的にはレンダリングはXサーバ側の問題なので、そこで高速化されるか、というあたりもかなり微妙なところです。

なにか想定を超える事態の可能性もあるので、

　・Unity以外のデスクトップ環境にするべく、Xubuntuあたりで試してみる
　・実は日本語フォントを選択しなければ速い、というような問題がないか、Ubuntu側を英語環境にしてみる

というあたりは少しだけやってみる価値があるかもしれません。

ただ、ASTEC-Xの利用が必須である、ということでなければ、VMwareのUnityを使うことである程度の速度を確保できるのでは、という感触です。あとはもう、サポート契約があればアールワークスに聞いてみるしか無いような気もします。

遅い自己返信ですみません。いろいろと試して頑張ったつもりですが解決できず、
Debian (wheezy)にしたら（他はすべて同じ環境で）比較的高速だったので、
そちらを使うことにしました…。ほとんど情報がなくてすみませんが、
もし少しでも今後のどなたかのご参考になれば幸いです。
どうもありがとうございました。