こんにちは。

alt13x による投稿:

インストール後、Macをいったん閉じて開いたところ、アイコンをクリックしても何も反応しなくなり、もう一度閉じて開くとフリーズしてしまいました。
なにか設定があるのであれば教えてもらえると助かります。

この「Mac」というのは、ハードウェアとしてのMacintoshのことでしょうか？
MacOSのMac、ではありませんよね？

Ubuntu起動中にMacBookを閉じたらサスペンドに入るのでしょうけれど、
開いてもうまく動作しなくなったとすると、サスペンドの失敗だと思われます。
（なお、いまのUbuntuではハイバネート（休止状態）は無効なのが規定値なので、
　おそらくサスペンドの失敗で、ハイバネートが失敗したのではないと思いますが）


ハードウェアとの相性の問題でもあるので、調査していく必要がありますので、話が長くなると思われます。
また、解決するという保証はありません。
例えば、ユーザスペース・ソフトウェアサスペンドをインストールしたら解決したという話があったり
http://tukaikta.blog135.fc2.com/blog-entry-47.html
https://forums.ubuntulinux.jp/viewtopic.php?pid=56906
原因がさまざまなので、特定しないといけません。

alt13x による投稿:

また、Macのようにコマンドキーをwindowsのctrlキーとして使用したいのですが、うまくいきません。
こちらもどこか設定する場所があるのなら教えていただけると助かります。

こちらは、xmodmapでできます。

MacのCommand（林檎）キーは、Superキーに相当すると思われます。

参考：http://memo.officebrook.net/20080305.html
　　　 http://d.hatena.ne.jp/progd/20090227/ubuntu_keymap

通常は、設定ファイルを .Xmodmap というファイル名でホームディレクトリにおいておけば、自動的に実行されます。