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#1 2016-02-03 10:45:49

Higuchi
メンバ
登録日: 2014-11-08

Synapticパッケージマネージャでlibopenmpi-devをインストールしようとしましたが、上手くいきません。

Higuchiと申します。Ubuntu初心者です。Ubuntu14.04 LTSを使用しています。m/cは64bitです。

Synpticパッケージマネージャを使用してlibopenmpi-devをインストールしようとしたのですが、
(1)変更を適用することができませんでした。
(2)まず破損パッケージを修復してください。
というメッセージがでました。

そこで、編集→破損パッケージの修復を試みたところ、
エラーが発生しました。
E:エラー、pkgProblemResolver::Resolveは停止しました。おそらく変更禁止パッケージ
が原因です。
E:依存関係を解消することができません。
というメッセージが出ました。

次に、完全削除指定を行おうとしましたが、この項目がハイライトされないので出来ません。


初心者で申し訳ありませんが、どう対応すべきかご教示いただきたく、よろしくお願いします。

[補足]
プロパティは下記のようになっています。
(1)一般
  パッケージ: libopenmpi-dev
    状態: 破損
(2)依存情報
   依存:libc6(>=2.8)
      依存:libopenmpi1.6(=1.6.5-8)
      依存:openmpi-common(=1.6.5-8)
      依存:libibverbs-dev
      依存:libhwloc-dev
      衝突:libopenmpi-dev
      衝突:libopenmpi-dev
      衝突:openmpi-bin(<=1.2.4-0)
    衝突:openmpi-bin(<=1.2.4-0)
      衝突:openmpi-dev
      衝突:openmpi-dev
      衝突:libopenmpi-dev
     
以上

オフライン

 

#2 2016-02-04 18:40:37

aaabbbcccdddeeefffggghhh
メンバ
登録日: 2008-02-25

Re: Synapticパッケージマネージャでlibopenmpi-devをインストールしようとしましたが、上手くいきません。

libopenmpi-devをインストールできるかどうか試してみましたが、
私のUbuntu 14.04では問題なくインストールできるようです。

Higuchi による投稿:

そこで、編集→破損パッケージの修復を試みたところ、
エラーが発生しました。
E:エラー、pkgProblemResolver::Resolveは停止しました。おそらく変更禁止パッケージ
が原因です。
E:依存関係を解消することができません。
というメッセージが出ました。

Synaptic パッケージマネージャを起動して、「カスタムフィルタ」>「破損」で何のパッケージが破損しているのか確認してみて下さい。

オフライン

 

#3 2016-02-05 06:46:59

Higuchi
メンバ
登録日: 2014-11-08

Re: Synapticパッケージマネージャでlibopenmpi-devをインストールしようとしましたが、上手くいきません。

aaabbbcccdddeeefffggghhh様

Higuchiです。早速コメントを頂きありがとうございます。
Synaptic パッケージマネージャを起動して、「カスタムフィルタ」>「破損」を調べました。
破損しているパッケージは1個のみで、
libopenmpi-dev (high performance message passing library-header files)
です。
[備考]
Ubuntu 14.04 LTSを搭載したPCを2台持っています。問題を起こしているのは64bit
版の方です。32bit版のPCではlibopenmpi-devは問題なくインストール出来ています。

オフライン

 

#4 2016-02-05 18:54:03

aaabbbcccdddeeefffggghhh
メンバ
登録日: 2008-02-25

Re: Synapticパッケージマネージャでlibopenmpi-devをインストールしようとしましたが、上手くいきません。

では端末で以下のコマンドを実行してみて下さい。

sudo apt-get install libopenmpi-dev libcr0 libhwloc-dev libhwloc-plugins libhwloc5 libibverbs-dev libibverbs1 libopenmpi1.6 libpci-dev libtorque2 libxml2-dev ocl-icd-libopencl1 openmpi-common zlib1g-dev

私が使っているUbuntu 14.04は64bit版ですけど問題なくインストールできています。

オフライン

 

#5 2016-02-05 20:11:30

Higuchi
メンバ
登録日: 2014-11-08

Re: Synapticパッケージマネージャでlibopenmpi-devをインストールしようとしましたが、上手くいきません。

aaabbbcccdddeeefffggghhh様

Higuchiです。ご指導ありがとうございます。
端末で以下を実施してみました。
libhwloc-dev, libpci-dev, およびlibopenmpi-devを除くパッケージはインストールされるようですが・・・・
上手くいっていません。
何か対策などがありましたら、教えてください。
よろしくお願いいたします。

user@user-desktop:~$ sudo apt-get install libopenmpi-dev libcr0 libhwloc-dev libhwloc-plugins libhwloc5 libibverbs-dev libibverbs1 libopenmpi1.6 libpci-dev libtorque2 libxml2-dev ocl-icd-libopencl1 openmpi-common zlib1g-dev
[sudo] password for user:
パッケージリストを読み込んでいます... 完了
依存関係ツリーを作成しています               
状態情報を読み取っています... 完了
zlib1g-dev はすでに最新版です。
libcr0 はすでに最新版です。
libopenmpi1.6 はすでに最新版です。
libtorque2 はすでに最新版です。
libtorque2 は手動でインストールしたと設定されました。
ocl-icd-libopencl1 はすでに最新版です。
ocl-icd-libopencl1 は手動でインストールしたと設定されました。
openmpi-common はすでに最新版です。
libibverbs-dev はすでに最新版です。
libibverbs1 はすでに最新版です。
libibverbs1 は手動でインストールしたと設定されました。
libxml2-dev はすでに最新版です。
libhwloc-plugins はすでに最新版です。
libhwloc5 はすでに最新版です。
libhwloc5 は手動でインストールしたと設定されました。
インストールすることができないパッケージがありました。おそらく、あり得
ない状況を要求したか、(不安定版ディストリビューションを使用しているの
であれば) 必要なパッケージがまだ作成されていなかったり Incoming から移
動されていないことが考えられます。
以下の情報がこの問題を解決するために役立つかもしれません:

以下のパッケージには満たせない依存関係があります:
libpci-dev : 依存: libpci3 (= 1:3.2.1-1ubuntu5) しかし、1:3.2.1-1ubuntu5.1 はインストールされようとしています
E: 問題を解決することができません。壊れた変更禁止パッケージがあります。
user@user-desktop:~$

以上

オフライン

 

#6 2016-02-05 23:34:37

aaabbbcccdddeeefffggghhh
メンバ
登録日: 2008-02-25

Re: Synapticパッケージマネージャでlibopenmpi-devをインストールしようとしましたが、上手くいきません。

Higuchi による投稿:

libhwloc-dev, libpci-dev, およびlibopenmpi-devを除くパッケージはインストールされるようですが・・・・

Higuchi による投稿:

以下のパッケージには満たせない依存関係があります:
libpci-dev : 依存: libpci3 (= 1:3.2.1-1ubuntu5) しかし、1:3.2.1-1ubuntu5.1 はインストールされようとしています

バージョン名が変ですね。
では以下のコマンドを実行してみて下さい。

コード:

wget http://mirrors.kernel.org/ubuntu/pool/main/p/pciutils/libpci-dev_3.2.1-1ubuntu5_amd64.deb
wget http://mirrors.kernel.org/ubuntu/pool/universe/h/hwloc/libhwloc-dev_1.8-1ubuntu1.14.04.1_amd64.deb
sudo dpkg -i --force-depends libpci-dev_3.2.1-1ubuntu5_amd64.deb
sudo dpkg -i --force-depends libhwloc-dev_1.8-1ubuntu1.14.04.1_amd64.deb

オフライン

 

#7 2016-02-06 05:38:58

Higuchi
メンバ
登録日: 2014-11-08

Re: Synapticパッケージマネージャでlibopenmpi-devをインストールしようとしましたが、上手くいきません。

aaabbbcccdddeeefffggghhh様

Higuchiです。ご指導ありがとうございます。

(1)教えて頂いたコマンドで実行してみました。
(2)この操作により、Synapticパッケージマネージャで、破損したlibopenmpi-devを"完全削除指定"
  することができるようになりました。
(3)次にSynapticパッケージマネージャを用いて、libopenmpi-devをインストールしようとしましたが、
  結果はやはり破損パッケージとなりました。

色々とご迷惑をおかけしますが、ご指導のほどよろしくお願いいたします。

以下に詳細を示します。

(1)教えて頂いたコマンドの実行

user@user-desktop:~$ wget http://mirrors.kernel.org/ubuntu/pool/main/p/pciutils/libpci-dev_3.2.1-1ubuntu5_amd64.deb
--2016-02-06 03:49:36--  http://mirrors.kernel.org/ubuntu/pool/main/p/pciutils/libpci-dev_3.2.1-1ubuntu5_amd64.deb
mirrors.kernel.org (mirrors.kernel.org) をDNSに問いあわせています... 149.20.37.36, 198.145.20.143, 2620:3:c000:a:0:1994:3:14, ...
mirrors.kernel.org (mirrors.kernel.org)|149.20.37.36|:80 に接続しています... 接続しました。
HTTP による接続要求を送信しました、応答を待っています... 200 OK
長さ: 43890 (43K) [application/octet-stream]
`libpci-dev_3.2.1-1ubuntu5_amd64.deb' に保存中

100%[======================================>] 43,890       181KB/s   時間 0.2s

2016-02-06 03:49:43 (181 KB/s) - `libpci-dev_3.2.1-1ubuntu5_amd64.deb' へ保存完了 [43890/43890]


user@user-desktop:~$ wget http://mirrors.kernel.org/ubuntu/pool/universe/h/hwloc/libhwloc-dev_1.8-1ubuntu1.14.04.1_amd64.deb
--2016-02-06 03:50:45--  http://mirrors.kernel.org/ubuntu/pool/universe/h/hwloc/libhwloc-dev_1.8-1ubuntu1.14.04.1_amd64.deb
mirrors.kernel.org (mirrors.kernel.org) をDNSに問いあわせています... 149.20.37.36, 198.145.20.143, 2620:3:c000:a:0:1994:3:14, ...
mirrors.kernel.org (mirrors.kernel.org)|149.20.37.36|:80 に接続しています... 接続しました。
HTTP による接続要求を送信しました、応答を待っています... 200 OK
長さ: 128774 (126K) [application/octet-stream]
`libhwloc-dev_1.8-1ubuntu1.14.04.1_amd64.deb' に保存中

100%[======================================>] 128,774      354KB/s   時間 0.4s

2016-02-06 03:50:46 (354 KB/s) - `libhwloc-dev_1.8-1ubuntu1.14.04.1_amd64.deb' へ保存完了 [128774/128774]


user@user-desktop:~$ sudo dpkg -i --force-depends libpci-dev_3.2.1-1ubuntu5_amd64.deb
[sudo] password for user:
以前に未選択のパッケージ libpci-dev を選択しています。
(データベースを読み込んでいます ... 現在 594898 個のファイルとディレクトリがインストールされています。)
libpci-dev_3.2.1-1ubuntu5_amd64.deb を展開する準備をしています ...
libpci-dev (1:3.2.1-1ubuntu5) を展開しています...
dpkg: libpci-dev: 依存関係の問題、しかし要求どおり設定を行います:
libpci-dev は以下に依存 (depends) します: libpci3 (= 1:3.2.1-1ubuntu5) ...しかし:
システム上の libpci3:amd64 のバージョン は 1:3.2.1-1ubuntu5.1 です。

libpci-dev (1:3.2.1-1ubuntu5) を設定しています ...


user@user-desktop:~$ sudo dpkg -i --force-depends libhwloc-dev_1.8-1ubuntu1.14.04.1_amd64.deb
以前に未選択のパッケージ libhwloc-dev:amd64 を選択しています。
(データベースを読み込んでいます ... 現在 594909 個のファイルとディレクトリがインストールされています。)
libhwloc-dev_1.8-1ubuntu1.14.04.1_amd64.deb を展開する準備をしています ...
libhwloc-dev:amd64 (1.8-1ubuntu1.14.04.1) を展開しています...
libhwloc-dev:amd64 (1.8-1ubuntu1.14.04.1) を設定しています ...
user@user-desktop:~$ 



(2)Synapticパッケージマネージャによる操作

  (a)Synapticパッケージマネージャを立ち上げると、
    「システム上に1個の破損パッケージがあります。これを特定するために"破損"フィルタを使用してください。」と
    表示される。
  (b)破損パッケージは、libpci-devで、verは 1:3.2-1-ubuntu5、説明はLinuxPCIユーティリィティ(開発用ファイル)。
  (c)完全削除指定が出来るようになったので、それを指定。
      依存により削除されるパッケージは、libwloc-dev
         次に適用を指定すると、
       以下の変更を適用しますかと問い合わせてくる。
        サマリ (1)12個のパッケージが保留されアップグレードされません。
             (2)2個のパッケージが削除されます。
                libpci-devとその設定が削除されます。
                libhwloc-devが削除されます。
       適用を実施すると、
        →変更を適用しました。すべての変更が正常に適用されました。このウインドウを閉じてください。
       となる。


(3)PCを再起動し、Synapticパッケージマネージャを立ち上げる。この状態で破損パッケージは0。
   そこでlibopenmpi-dev(ver. 1.6.5-8)をインストールする作業を始める。
   インストール指定前のプロパティは"未インストール"。
   インストール指定をすると、プロパティの状態は"破損"となる。

以上
     

オフライン

 

#8 2016-02-06 13:42:37

aaabbbcccdddeeefffggghhh
メンバ
登録日: 2008-02-25

Re: Synapticパッケージマネージャでlibopenmpi-devをインストールしようとしましたが、上手くいきません。

libopenmpi-devを完全削除できるようになったという事は一応はインストールが正常に完了したということです。
私がこれまでに書いたコマンドを再び実行して下さい。インストールはそれで完了です。

ですが、

Higuchi による投稿:

libpci-dev_3.2.1-1ubuntu5_amd64.deb を展開する準備をしています ...
libpci-dev (1:3.2.1-1ubuntu5) を展開しています...
dpkg: libpci-dev: 依存関係の問題、しかし要求どおり設定を行います:
libpci-dev は以下に依存 (depends) します: libpci3 (= 1:3.2.1-1ubuntu5) ...しかし:
システム上の libpci3:amd64 のバージョン は 1:3.2.1-1ubuntu5.1 です。

問題はここですね。libpci3のバージョン3.2.1-1ubuntu5.1は、現在普通のユーザーがインストールできるようにはなっていません。
ググってみたところ以下のページが見つかりました。

http://www.ubuntuupdates.org/package/core/trusty/main/proposed/libpci3
http://www.ubuntuupdates.org/package/core/trusty/main/proposed/libpci-dev

ひょっとしてproposedリポジトリが有効になっていませんか?
「システム設定」を起動して「ソフトウェアとアップデート」>「アップデート」の「プレリリースされたアップデート」にチェックが入っている場合、チェックを外して下さい。
libopenmpi-devが破損することはなくなるはずです。

オフライン

 

#9 2016-02-06 14:45:45

aaabbbcccdddeeefffggghhh
メンバ
登録日: 2008-02-25

Re: Synapticパッケージマネージャでlibopenmpi-devをインストールしようとしましたが、上手くいきません。

ちょっと訂正です

1. 「ソフトウェアとアップデート」>「アップデート」の「プレリリースされたアップデート」のチェックが入っていない事を確認

2. 以下のコマンドを実行

コード:

wget http://mirrors.kernel.org/ubuntu/pool/main/p/pciutils/libpci3_3.2.1-1ubuntu5_amd64.deb
wget http://mirrors.kernel.org/ubuntu/pool/main/p/pciutils/libpci-dev_3.2.1-1ubuntu5_amd64.deb
sudo dpkg -i --force-depends libpci3_3.2.1-1ubuntu5_amd64.deb
sudo dpkg -i --force-depends libpci-dev_3.2.1-1ubuntu5_amd64.deb
sudo apt-get install libopenmpi-dev

これで多分いけると思います

オフライン

 

#10 2016-02-06 16:48:48

Higuchi
メンバ
登録日: 2014-11-08

Re: Synapticパッケージマネージャでlibopenmpi-devをインストールしようとしましたが、上手くいきません。

aaabbbcccdddeeefffggghhh様

Higuchiです。お陰さまで上手く行きました。
貴重なお時間を拝借しご指導頂き、本当にありがとうございました。


下記場所にインストールされていることを確認しました。
*******************************
libopenmpi-dev version 1.6.5-8
内容  6個のアイテム、サイズは8.7 kB
場所 /usr/share/doc
*******************************

以下詳細です。
[1] 「ソフトウェアとアップデート」>「アップデート」の「プレリリースされたアップデート」のチェックが入っていない事の確認
   →元からチェックは入っていませんでした。
[2] 端末での実行
****************************************************************************
wget http://mirrors.kernel.org/ubuntu/pool/main/p/pciutils/libpci3_3.2.1-1ubuntu5_amd64.deb
wget http://mirrors.kernel.org/ubuntu/pool/main/p/pciutils/libpci-dev_3.2.1-1ubuntu5_amd64.deb
sudo dpkg -i --force-depends libpci3_3.2.1-1ubuntu5_amd64.deb
sudo dpkg -i --force-depends libpci-dev_3.2.1-1ubuntu5_amd64.deb
sudo apt-get install libopenmpi-dev
****************************************************************************

(a)
user@user-desktop:~$ wget http://mirrors.kernel.org/ubuntu/pool/main/p/pciutils/libpci3_3.2.1-1ubuntu5_amd64.deb
--2016-02-06 16:11:47--  http://mirrors.kernel.org/ubuntu/pool/main/p/pciutils/libpci3_3.2.1-1ubuntu5_amd64.deb
mirrors.kernel.org (mirrors.kernel.org) をDNSに問いあわせています... 149.20.37.36, 198.145.20.143, 2001:4f8:4:6f:0:1994:3:14, ...
mirrors.kernel.org (mirrors.kernel.org)|149.20.37.36|:80 に接続しています... 接続しました。
HTTP による接続要求を送信しました、応答を待っています... 200 OK
長さ: 26144 (26K) [application/octet-stream]
`libpci3_3.2.1-1ubuntu5_amd64.deb.2' に保存中

100%[======================================>] 26,144      --.-K/s   時間 0.1s 

2016-02-06 16:11:52 (204 KB/s) - `libpci3_3.2.1-1ubuntu5_amd64.deb.2' へ保存完了 [26144/26144]


(b)
user@user-desktop:~$ wget http://mirrors.kernel.org/ubuntu/pool/main/p/pciutils/libpci-dev_3.2.1-1ubuntu5_amd64.deb
--2016-02-06 16:12:25--  http://mirrors.kernel.org/ubuntu/pool/main/p/pciutils/libpci-dev_3.2.1-1ubuntu5_amd64.deb
mirrors.kernel.org (mirrors.kernel.org) をDNSに問いあわせています... 149.20.37.36, 198.145.20.143, 2620:3:c000:a:0:1994:3:14, ...
mirrors.kernel.org (mirrors.kernel.org)|149.20.37.36|:80 に接続しています... 接続しました。
HTTP による接続要求を送信しました、応答を待っています... 200 OK
長さ: 43890 (43K) [application/octet-stream]
`libpci-dev_3.2.1-1ubuntu5_amd64.deb.4' に保存中

100%[======================================>] 43,890       182KB/s   時間 0.2s

2016-02-06 16:12:26 (182 KB/s) - `libpci-dev_3.2.1-1ubuntu5_amd64.deb.4' へ保存完了 [43890/43890]


(c)
user@user-desktop:~$ sudo dpkg -i --force-depends libpci3_3.2.1-1ubuntu5_amd64.deb
[sudo] password for user:
(データベースを読み込んでいます ... 現在 594774 個のファイルとディレクトリがインストールされています。)
libpci3_3.2.1-1ubuntu5_amd64.deb を展開する準備をしています ...
libpci3:amd64 (1:3.2.1-1ubuntu5) で (1:3.2.1-1ubuntu5 に) 上書き展開しています ...
libpci3:amd64 (1:3.2.1-1ubuntu5) を設定しています ...
libc-bin (2.19-0ubuntu6.6) のトリガを処理しています ...


(d)
user@user-desktop:~$ sudo dpkg -i --force-depends libpci-dev_3.2.1-1ubuntu5_amd64.deb
(データベースを読み込んでいます ... 現在 594774 個のファイルとディレクトリがインストールされています。)
libpci-dev_3.2.1-1ubuntu5_amd64.deb を展開する準備をしています ...
libpci-dev (1:3.2.1-1ubuntu5) で (1:3.2.1-1ubuntu5 に) 上書き展開しています ...
libpci-dev (1:3.2.1-1ubuntu5) を設定しています ...



(e)
user@user-desktop:~$ sudo apt-get install libopenmpi-dev
パッケージリストを読み込んでいます... 完了
依存関係ツリーを作成しています               
状態情報を読み取っています... 完了
以下のパッケージが自動でインストールされましたが、もう必要とされていません:
  linux-headers-3.13.0-68 linux-headers-3.13.0-68-generic
  linux-image-3.13.0-68-generic linux-image-extra-3.13.0-68-generic
これを削除するには 'apt-get autoremove' を利用してください。
以下の特別パッケージがインストールされます:
  libhwloc-dev
以下のパッケージが新たにインストールされます:
  libhwloc-dev libopenmpi-dev
アップグレード: 0 個、新規インストール: 2 個、削除: 0 個、保留: 0 個。
508 kB のアーカイブを取得する必要があります。
この操作後に追加で 4,006 kB のディスク容量が消費されます。
続行しますか? [Y/n] Y
取得:1 http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ trusty-updates/universe libhwloc-dev amd64 1.8-1ubuntu1.14.04.1 [129 kB]
取得:2 http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ trusty/universe libopenmpi-dev amd64 1.6.5-8 [379 kB]
508 kB を 0秒 で取得しました (1,605 kB/s)
以前に未選択のパッケージ libhwloc-dev:amd64 を選択しています。
(データベースを読み込んでいます ... 現在 594774 個のファイルとディレクトリがインストールされています。)
.../libhwloc-dev_1.8-1ubuntu1.14.04.1_amd64.deb を展開する準備をしています ...
libhwloc-dev:amd64 (1.8-1ubuntu1.14.04.1) を展開しています...
以前に未選択のパッケージ libopenmpi-dev を選択しています。
.../libopenmpi-dev_1.6.5-8_amd64.deb を展開する準備をしています ...
libopenmpi-dev (1.6.5-8) を展開しています...
man-db (2.6.7.1-1ubuntu1) のトリガを処理しています ...
libhwloc-dev:amd64 (1.8-1ubuntu1.14.04.1) を設定しています ...
libopenmpi-dev (1.6.5-8) を設定しています ...
update-alternatives: /usr/include/mpi (mpi) を提供するために 自動モード で /usr/lib/openmpi/include を使います
user@user-desktop:~$

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