使用歴だけは長い初心者ですが、表題の件よろしくお願いします。

PC環境を簡単に
・PC : HP ML110G6
・HDD-1(3TB)
  sda1(ext4) bios grub 2MB
  sda2(ext4) /(root) 200GB
  sda3(ext4) /home 2.8TB
  sda4(linux swap) 4GB

・HDD-2(2TB)
  sdb1(ext4) data

・HDD-3(2TB)
  sdc1(ext4) data

最近、旧HDD-1(2TB)にインストールしていたUbuntu12.04がディスクエラーで起動しなくなったため、
Ubuntu16.04 LTS 日本語Remix(64ビット)を新しいHDD-1(3TB)にhomeディレクトリを別パーティションにしてインストール(前と同じユーザー名とパスワード)しました。
インストールは正常に完了し、HDD-2とHDD-3のデータも正常に読み書きできる状態でした。
その後、データの整理をしているときに、現ディレクトリとそれ以下のディレクトリのファイル全ての所有者を統一しようと、下記shスクリプトをテストしていて表記の問題が起きました。

スクリプト内容（現在確認できないので定かでない）
sudo chown -R username:groupname /*

現ディレクトリ全て「./*」とすべきところをルート以下全てを変更してしまうスクリプトを実行してしまいました。
当然ながら「操作は許可されない」旨のメッセージがズラッと表示され続けたので、あわてて「CTRL」+Cで中止しましたが...。
直後から、HDD-1のsda3 /home以下と、HDD-2、HDD-3のディスクにアクセス不可能、ログアウト後、登録ユーザーでのログインも不可能になってしまいました。

Ubuntu16.04のライブディスクで起動後、3台のHDDはマウントされていてルートにあるディレクトリ名やファイル名は確認できるのですが、
アイコンが不明(白地に数字、バイナリのアイコン？)なものになっていてアクセス不可能、ファイルのプロパティではサイズなども不明になっています。
インデックスとデータがリンクされていないような感じです。sda2 /(root)にあるディレクトリやファイルは正常のようです。

ルートディレクトリ以下全ファイルの「chown」によって、ログイン画面からのログイン不可能やディスクへのアクセス不可能ということは、どのようなことが原因でしょうか？
修復する方法があれば、どうかお願いします。
※OSは再インストールするとして、データディスクの復旧だけはなんとかしたいのですが...。