Compizconfig設定マネージャ(CCSM)で，「ウィンドウの配置」のプラグインを有効にして，設定画面の「一般」タブにある「配置方式」を「中央」にすれば，一応，新規に開いたウィンドウが中央に表示されるようになると思います。初期設定では「カスケード」になっているようです。

「Fixed Window Placement」のところで，ウィンドウの種類によって配置を変えることもできるようですが，こちらの設定はよくわかりません。

なお，CCSMをまだ導入されていないようでしたら，「アプリケーション」→「追加と削除」で，表示を「すべてのオープンソースアプリケーション」にして，「ccsm」で検索すれば見つかりますので，インストールしてみてください。

解決したようで，よかったです。

Gitwebのパッケージを使っているので，家では日本語表記になっているのですが，Ubuntu8.04のパッケージだと，まだ英語表記だったんですね…。

カスケードの方が標準だったのか。こちらこそ勉強になりました。
masudaさんの質問が無ければ，たぶんずっと使わずにいたプラグインだと思います。