Ubuntu日本語フォーラム

matsu1129 · 2024-03-11 14:58:49

アライメントを実行しようとしたら以下のように表示され予期せぬ終了となってしまいました。
色々と調べてみましたが原因がわかりません。ご教授よろしくお願いいたします。

$ ~/variant_call/tools/bwa-mem2/bwa-mem2 mem -R "@RG\tID:son\tPL:Illumina\tLB:son" ~/variant_call/materials/JG.fa ~/variant_call/materials/HG005_Son.R1.fastq.gz ~/variant_call/materials/HG005_Son.R2.fastq.gz >~/variant_call/intermediate/son.sam
Looking to launch executable "/home/****/variant_call/tools/bwa-mem2/bwa-mem2.avx2", simd = .avx2
Launching executable "/home/****/variant_call/tools/bwa-mem2/bwa-mem2.avx2"
-----------------------------
Executing in AVX2 mode!!
-----------------------------
* SA compression enabled with xfactor: 8
* Ref file: /home/****/variant_call/materials/JG.fa
* Entering FMI_search
* Index file found. Loading index from /home/****/variant_call/materials/JG.fa.bwt.2bit.64
* Reference seq len for bi-index = 6134440547
[fread] Unexpected end of file

elliptic · 2024-03-14 23:31:43

https://forums.ubuntulinux.jp/viewtopic … 65#p125865
の状況のままならば、インデックスファイルを必要な長さまで書き出す前に
メモリ不足で異常終了しているので、それを読み込んで利用しようとしても、
尻切れになって "Unexpected end of file"と言われてしまいます。
bwa-mem2 indexが完走できないと次のステップの bwa-mem2 mem へ進むことは出来ません。
まずはRAMを増やしてください。

matsu1129 · 2024-03-15 15:32:36

elliptic による投稿:
https://forums.ubuntulinux.jp/viewtopic … 65#p125865
の状況のままならば、インデックスファイルを必要な長さまで書き出す前に
メモリ不足で異常終了しているので、それを読み込んで利用しようとしても、
尻切れになって "Unexpected end of file"と言われてしまいます。
bwa-mem2 indexが完走できないと次のステップの bwa-mem2 mem へ進むことは出来ません。
まずはRAMを増やしてください。

ellipticさん

お返事ありがとうございます。bwa-mem2はコンパイラがgccでなくicpcでないと動作しないらしいので今それをインストールしようとしているのですが、やはりRAMが根本的な問題なのでしょうか。

elliptic · 2024-03-15 22:42:02

#3 matsu1129 による投稿:
bwa-mem2はコンパイラがgccでなくicpcでないと動作しないらしいので

そんなことはありません。
GCCでもIntelコンパイラでも、どちらでもビルドできるようになってます。
Intelコンパイラの方がCPUを上手に使って高速なプログラムを生成します。
icpcでコンパイル済みのバイナリコードがダウンロードできるので普通のユーザーはそれを使います。
コンパイラをインストールする必要はありません。

GitHub - bwa-mem2/bwa-mem2: The next version of bwa-mem
https://github.com/bwa-mem2/bwa-mem2?tab=readme-ov-file#installation
> For general users, it is recommended to use the precompiled binaries from the release page. These binaries were compiled with the Intel compiler and runs faster than gcc-compiled binaries.

ただし、私はgccやicpcの問題ではなく
OOM=Out Of Memoryでkillされるということから RAM不足だろうとみています。

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お知らせ

#1 2024-03-11 14:58:49

[fread] Unexpected end of fileと表示されました

#2 2024-03-14 23:31:43

Re: [fread] Unexpected end of fileと表示されました

#3 2024-03-15 15:32:36

Re: [fread] Unexpected end of fileと表示されました

elliptic による投稿:

#4 2024-03-15 22:42:02

Re: [fread] Unexpected end of fileと表示されました

#3 matsu1129 による投稿:

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