ubuntu22.04.3でbwa-mem2を使いFASTAファイルの作成をしようとしていますがうまくいきません。以下のようになります。

$ ~variant_call/tools/bwa-mem2/bwa-mem2 index ~/variant_call/materials/JG.fa
-bash: ~variant_call/tools/bwa-mem2/bwa-mem2: No such file or directory

ディレクトリを確認するとbwa-mem2というファイルは存在しています。


考えられるのはbwa-mem2のmake実行時に大量のwarningが出ていることです。しかし実行ファイルを起動すると使用法が明示されたので正常にインストールできているのではないかと思っています。

以下がmake実行時の警告の最初です。以下つらつらといっぱい警告があります。（○○○はユーザー名）


rm -f src/*.o libbwa.a; cd ext/safestringlib/ && make clean;
make[1]: Entering directory '/home/○○○/variant_call/tools/bwa-mem2/ext/safestringlib'
rm -f obj/*.o *~ core /*~ objtest/*.o
rm -f libsafestring.a
rm -f safestringtest
make[1]: Leaving directory '/home/○○○/variant_call/tools/bwa-mem2/ext/safestringlib'
make arch=sse41    EXE=bwa-mem2.sse41    CXX=g++ all
make[1]: Entering directory '/home/○○○/variant_call/tools/bwa-mem2'
g++ -c -g -O3 -fpermissive -msse -msse2 -msse3 -mssse3 -msse4.1  -DENABLE_PREFETCH -DV17=1 -DMATE_SORT=0 -DSAIS=1  -Isrc -Iext/safestringlib/include src/fastmap.cpp -o src/fastmap.o
In file included from src/bwamem.h:47,
                 from src/fastmap.h:45,
                 from src/fastmap.cpp:39:
src/kstring.h: In function ‘int kputsn(const char*, int, kstring_t*)’:
src/kstring.h:69:55: warning: ISO C++ forbids converting a string constant to ‘char*’ [-Wwrite-strings]
   69 |         memcpy_bwamem(s->s + s->l, s->m - s->l, p, l, __FILE__, __LINE__);
      |   
.........


実行してみると以下のようになります。

~/variant_call/tools/bwa-mem2$ ./bwa-mem2
Looking to launch executable "/home/○○○/variant_call/tools/bwa-mem2/./bwa-mem2.avx2", simd = .avx2
Launching executable "/home/○○○/variant_call/tools/bwa-mem2/./bwa-mem2.avx2"
Usage: bwa-mem2 <command> <arguments>
Commands:
  index         create index
  mem           alignment
  version       print version number

実行ファイルがbwa-mem2.avx2っぽかったのでこれで実行してみると

~/variant_call/tools/bwa-mem2$ ./bwa-mem2.avx2
Usage: bwa-mem2 <command> <arguments>
Commands:
  index         create index
  mem           alignment
  version       print version number

となり、正常にインストールはできているのかなと思ってます。

なぜ冒頭のように No such file or directoryとなるか分からないです。ご教授よろしくお願いいたします。