もう少し状況をはっきりさせる必要があると思います。タグが付与や削除できないのは「未分類」というタグに関するものだけなのか、「正常に処理できない」場合、ずっとタグの付与や削除ができないのか、再起動すればなおるかとかとか。

端末からf-spotを起動し、タグの付与や削除ができなかったときに表示されるメッセージ（何も表示されないかもしれません）をメモって、Launchpadに報告とかも可能ならした方がいいと思います。見たところそれっぽいバグは登録されていないですし……。

GdkPixbufLoaderのドキュメントも眺めての推測ですが、タグをつけたときに何らかの理由で、gdk_pixbuf_loader_close()を呼ばずに勝手にファイルを閉じられてしまう（＝タグを付けるor削除するという操作が完了する前にファイルが閉じてしまうので、タグ付けができない）、ということなんでしょうね。


で、原因はF-Spotのバグだと思いますが、特定のデータで発生する類のもののような気がします。タグ付けができないファイルの共通項などを探すと、より原因がわかるかもしれません（例えば画像が縦置きのものだけ、とか）。そのへんの推測を英語でうまくまとめたうえで、Launchpadに登録しておくと対処してもらえるかも。