自分もThinkPad X40ユーザーですが何の障害もなくMini PCIで無線LANつながります。

アプリケーション→アクセサリ→GNOME端末を開きます
コマンドラインから
sudo gedit /etc/modprobe.d/blacklist
と入力します。
passwordを聞いてくるのでrootのpasswordを入力します。
するとeditorがひらきますので
いちばん下に
blacklist prism2_pci
blacklist hostap_pci
blacklist hostap
の3行を加えて保存します。

私の場合とりあえずこれでOKになりました。
ためしてみてください。

Tooshiさん

　起動後、コマンド lsmod | grep ath　を実行し、次のようなものが表示されますか。

　　ath_pci
　　wlan
　　ath_hal

表示されるならドライバーはロードされていますので、後は設定するだけかと思うんですが。
もし、そうでなかったら、コマンド

　　sudo modprobe ath_pci

を実行します。私は、７．０４でLANカードNEC PA-WL/54G,　I/Oデータ　WN-G54/CB3で接続できました。
いずれのカードもAtheros AR5212 で、ドライバーはmadwifiを使います。

Tooshiさんと状況が違いますのでなんともいえませんが、参考にしてください。

tooshiさん

私の場合、ドライバーファイルは以下のようになっています。

　$ ls /lib/modules/2.6.20-15-generic/madwifi
        ath_pci.ko        ath_rate_sample.ko  wlan_ccmp.ko      wlan_tkip.ko
        ath_rate_amrr.ko  wlan.ko             wlan_scan_ap.ko   wlan_wep.ko
        ath_rate_onoe.ko  wlan_acl.ko         wlan_scan_sta.ko  wlan_xauth.ko

１２個のファイルがあります。これがないとは思えないんですが。
もし、なかったら.........。わかりません。

Synaptic パッケージ・マネージャを使って、
なんとかドライバをインストールすること（？）ができました。

/lib/modules/2.6.20-15-generic/madwifi　に、１２個のファイルが現れて、
ath0が設定できるようになりました。

もとの設定（WPA-AES）が反映されていないのか（？）、
まだ接続はできていませんが、なんとかなるのではないかと思います。

Hideyoshiさん、cookyさん、marinさん、ありがとうございました。