gnome端末に　firefox　と打ち込んでenterキーを押すとどうなりますか？

起動はメニューからでしょうか。
どうも、メニューに設定されている内容がおかしいようです。

私のところでは確かに、コマンド内容として

firefox %u

と入っていますが、おっしゃるような"www.%u.com"という名前には展開されません。
メニューの設定内容を確認して修正したほうがいいと思うのですが。
kubuntu使ってるのでgnomeはわかりません。どなたかにバトンを渡します。

コマンドラインからやってみました。確かに同じです。
というか、コマンドラインシェルではこれは展開しないでしょう。

KDEの場合、間に入っているGUIシェル（kicker?)がこの部分を展開しているのでしょう。
gnomeだとそれは展開しないのかな。

念のため、/usr/share/applications/firefox.desktopの内容を以下。

[Desktop Entry]
Encoding=UTF-8
Name=Firefox Web Browser
--略--
GenericName[sk]=Internetový prehliadač
Exec=firefox %u
Terminal=false
X-MultipleArgs=false
Type=Application
Icon=firefox.png
Categories=Application;Network;
MimeType=text/html;text/xml;application/xhtml+xml;application/xml;application/vnd.mozilla.xul+xm
l;application/rss+xml;application/rdf+xml;image/gif;image/jpeg;image/png
StartupWMClass=Firefox-bin
StartupNotify=true

回避策としては、"%u" をとる位しかないのですが、これをやっちゃうと今度はファイルをデスクトップアイコンにDrag'n Dropしたときに動作が期待したとおりになりませんよね。はてさて。

関係ないと思いますがFirefoxを自動起動にセットUPしてます。

Sessionsでの自動起動でしょうか？それ以外のメニューや直接の起動（Alt-F2）では同じ現象はありますか？