興味がありますね。同じだと思っていましたが違いが有るのか、何かの症状なのか。
文面から見るとGUIでの操作の様ですが端末からの操作ではどうでしょうか？

以前にインストール後パッケージマネージャーからパッケージが見つからず端末からならインストール出来たことがありました。
暫くそのままでしたがパッケージの検索など不便なのでOSを再インストールしてみたら通常通り動くようになったことが。

その時はgparted, java, flash など全滅（あり得ない）で端末から
$ sudo apt-get update
しても同じでした、あっ　端末からインストールしてもパッケージマネージャーには反映されなかった様な、、、

一度為してみて下さい。
$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get install パッケージ名

私の提案としては２つ
１、何らかの不具合のある物を表示させる。
$ sudo dpkg --audit

２、パッケージマネージャーを上書き再インストールする[date]
$ sudo apt-get --reinstall install synaptic apturl gnome-app-install gnome-codec-install jockey-gtk language-selector software-properties-gtk ubufox update-manager update-notifier [/date]

1は情報の表示のみです。

２はパッケージマネージャーと関係しているファイルの再インストールですが最悪OSを入れ直しても良ければ実行してみて下さい。

かなり似た状況の様ですが私の場合インストール直後だった為に再インストールを試したので原因解明には至っていません。
またパッケージマネージャーの削除はシステム自体を狂わす恐れが有るので上書きインストールとしたのですが安全かどうかの確認は取っていません。

再インストールをお考えでない場合は識者の助言を待ってみてください。

hir0様　ご丁寧なご教授、誠にありがとうございました。

しばらく確認ができませんが、ご助言のとうりやってみます。
今後とも、よろしくお願い申し上げます。