もし、フォーマット時にクイックを選択していた場合、クイックではないほうでやり直してみてください。クイックフォーマットでは、間仕切りをし直すだけで、中身が自動的に消えたり(整地?)はしません(参照する手段がきわめて少なくなるだけです。)そのため、直接参照する分には、相変わらず読めます。

なお、HDDにインストールするOSについては、「アンインストールする」という概念はありません。単にパーティションを削除するか、削除してもよいように環境を更新(再構築)する　という作業になります。
# 手順の中では、「すべてをPS3®に割り当てる」を選ぶことで、これを達成します。


私も同じ手順を試したのですが・・・HDDの(PS3用の)容量を参照する画面とかって見当たりませんね・・・なので、「全部使えている・・はず？」という感じです。
# その昔、YellowDogで、BOINC(PS3GRID)を回してたのですが、今回のアップデート合わせてその他ＯＳ領域を解放しました。

weykさ～ん、すみません気がつきませんでした。
GOUKAKUさん、#3はスルーして下さい。

”Ubuntuは完全に削除されておらず、起動することができてしまいました”
”フルフォーマットしてみたのですが、やっぱり表示されます。”

この「フォーマットしたのに起動する」や「フォーマットしたのに表示される」が何を意味するのかが＃３から気になっているのですが。。。

「起動する」はフルフォーマットで状況が変わったのですよね。
「表示される」は何が表示されるのですか？

HDDのMBRにブートローダーが残っているのが原因ですね。

MBRはHDDの最初の1セクタでそこにブートローダーの一部とパーティションテーブルが書き込まれています。
フォーマットはそこから数セクタ先のデータ領域のみを初期化します。

解決策としては通常はMBRのブート部分をクリアすることです。
インストールに使用したライブCD等でPS３のHDDのデバイスファイル名を調べて下さい。
$ sudo fdisk -l

クリアの方法は
$ dd if=/dev/zero of=/dev/sda bs=446 count=1

/dev/sda が間違いなく目的のHDDで無いと別のデバイスのデータが消えてPS３が動かなくなるかもしれません。
よく確認して環境に合わせて変更してください。

これは、恐らく大丈夫ですがソニー独自の方式を採用していればHDDの認識がおかしくなりますが、慌てず再フォーマットで解決するはずです。

で、私は実機を持っていないので細部に関してはweykさんの様に実機を持っている方のアドバイスを待ってください。
＊dd 等、消去を伴う作業でのミスは致命的な損害を招く恐れが有ります。

「ハード構成と特性」を把握されてバックアップの必要性の有無を読み取れる方を待ちましょう。
通常機と変わらず、入力ミスやデバイスファイル名の読み違いを起こさない自信が有るのでしたら上記コマンドを実行して下さい。

申し訳ないです、（PCでは無い）実機が無いのでPCでの操作が適用できるかどうかの判断が出来ません。

すいません、私のほうは、先の実験の流れで、そのままPS3のアップデートを適用してしまっています。ps3のサイトにも書いてありますが、1度適用すると、戻すことはできません。そのため、適用前の状態を調査することができません。

完全に憶測なのですが、PS3をアップデートをしてしまうと、他OSの起動ができなくなる・・・つまり、MBR等の有無にかからず呼び出すことができなくなるため問題にならず、あえて消す手順が含まれてない　という可能性がありますね。
# 本当は、PS3の機能でPS3用領域の総容量が見られれば良いだけのはずなんですが・・・HDDの残り容量とかどこで確認すればよいのだろう・・・

weykさん による投稿:

～省略～
完全に憶測なのですが、PS3をアップデートをしてしまうと、他OSの起動ができなくなる・・・つまり、MBR等の有無にかからず呼び出すことができなくなるため問題にならず、あえて消す手順が含まれてない　という可能性がありますね。～省略～

現在の一番有益な情報ですね。
アップデートすることによってMBRのクリアも実行される可能性が高い。
理由は、アップデート後は「他のOSは起動できない」、意図した訳ではない様ですが件の問題が解決されている。

さて、情報としては充分ですがシステム（PS３）の安全性の確保を考えると個人の裁量に委ねるしかないですね。
「石橋を叩いて渡る」の「叩きかた」は色々ですし、叩いても渡るのを躊躇される方もいるし、、、

確か国外ですがメジャーな Ubuntu on PS3 なコミュニティや Q & A が有ったと思ったのですが？？？

MBRの件、SONYに質問してみたら答えてくれるでしょうか？
領域については「Ubuntu提供元に問い合わせてください」とのことでしたが。

Ubuntuに関して質問せずに、逆にPS３に付いて問い合わせてみるとどうでしょうか。

「現在、HDDのMBRにデータが有ります。PS３のアップグレードを行うとMBRも書き換えられると言う事ですが本当でしょうか。　PS３のアップグレードに伴うHDDへの挙動を教えて下さい」

「ユーザー側はHDDに任意にデータを書き込め自由に使えますが、PS３（機器の動作）に影響はあるのでしょか？
HDDの一番先頭部に書き込んだデータを消去したいと思っていますが問題は無いでしょうか。」

見たいな感じで

結局、インストールを強行しました。
もとが60Gのはずがフォーマット後でもMAXが５５Gになっており、さらに３Gが使用されて５２Gでしたので、なんとなく差分の領域はシステム＋その他の領域であるとおもっていました。
バージョンアップ後、きちんとフォーマットしていないとその領域自体が使えなくなると考えていたのですが、憶測で、「その他のシステムの内容をバックアップしたいなら、戻せなくなるのでやっといてください」というだけ？と解釈しなおしました。ソニーのヘルプによくみるとローダは消せない（公式）とかいていましたし、「そもそもその他のシステムを使っているかの確認の説明なのか、バージョンアップの注意事項なのかわかりにくい文章だったので、８G分気持ちわるいまま断行し、とりあえずすっきりしています。

返答遅くなってすいません。バックアップファイルをPS3に戻せなくなって困っていたのですが、なんとか直りました。

昨日、特に何もせずにそのままアップデートした。領域はどうなっているのか良く分かりませんでしたが、
今のところ動作に異常は見られないので大丈夫だと思います。皆さん、アドバイスありがとうございました。