その後、JabRefのインストールについて試みたことを報告し、問題の解決方法をお尋ねします。

JabRefは文献管理ソフトです。

http://jabref.sourceforge.net

から拡張子が「jar」となっているファイルをダウンロードする。
そのファイルをフォルダ「~/bin」に置く。（なければ作る）

java -jar ~/bin/JabRef-2.9.2.jar

で動くことを確認できた。

ランチャーに登録に関して Web に書いてあるように実行した。

Iconは、「JabRef-2.9.2.jar」のなかの「images」フォルダにあるのでそこから取り出して「~/Pictures」に置いた。

gedit ~/.local/share/application/jabref.desktop
で、以下のファイルを作る。

[Desktop Entry]
Name=JabRef
Exec=java -jar /home/satouy/bin/JabRef-2.9.2.jar
Terminal=false
Type=Application
Icon=/home/satouy/Pictures/JabRef-icon-48.png

その結果、 Dock に JabRef が現れ、クリックすると起動できる。
しかし、アイコンは JabRef-icon-48.png　でない。
ランチャーに登録できるるが「?」が表示される。

この問題を解決する方法をお教えねがいます。

なを、以下のWeb は Ubuntu11.10 を参考にしていると書かれている。
私が使用してるものは Ubuntu12.04 です。12.04 用の設定方法はは違うのでしょうか？　
よろしくお願いします。

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参考にした Web

http://miyazakikenji.wordpress.com/2013/05/10/bibtex-まわり。/

http://miyazakikenji.wordpress.com/2013/05/10/jabref-を-ランチャーに登録/

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不具合を改善するため次を行ったところ一部が解決できた。

1. Pictures は使えないので、アイコンイメージを ~/bin に入れた。

2. jabref.desktop の最後に Categories=Utility; を追加した。

[Desktop Entry]
Name=JabRef
Exec=java -jar /home/satouy/bin/JabRef-2.9.2.jar
Terminal=false
Type=Application
Icon=/home/satouy/bin/JabRef-icon-48.png
Categories=Utility;

結果：
1. Dock にアイコンが表示された。
2. Dock からの起動は正常に見える。

未解決：
Launcher に登録したアイコンをクリックして起動ができるが、ランチャーに新たにアイコンが現れる。
普通は、新たにアイコンが現れないで、アイコンの横に三角矢印が1個とか2個現れる。

これを解決する方法についてコメントいただければ幸いです。

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katsu07 さん　回答有難う御座います。

?: Iconは、「JabRef-2.9.2.jar」のなかの「images」フォルダにあるのでそこから取り出して「~/Pictures」に置いた。

アーカイブマネージャで JabRef-2-9-2.jar を開くと、「images」フォルダに JabRef-icon-48.png が見えるので、
マウスでクリックしたまま移動させるとコピーができました。

Pictures が使えないことがわかりました。

使用している pc は、 Linux mania の Ubuntu のプレインストールしたものを使っています。
12.04 へのアップグレードも Linux Mania から配布されたものでインストールしました。カスタマイズされているのかもしれません。

ランチャーに登録したアイコンから起動すると新しくアイコンが現れる症状はありますが、使うには支障はないので、これでよしとします。
JabRef の使い方に集中しようと思います。

Mathematicaの日本語入力についての Web を教えてくれたのは、katsu07 さんであることに気が付きました。
その当時は、理解が浅くてわからなかったのですが、今日実行したところ、問題なく Mathematica で日本語入力ができました。
いりいろとお世話になります。今後ともよろしく。

>文献データベース管理ソフトJabRef インストールして使い始めたのですが、リンクした PDF ファイルを表示できない。<
と書きましたが、Ubuntu のJabRef でリンクした PDF ファイルは開くことができました。
開けないPDFファイルは Windows の JabRef でリンクしたものでした。

こんなことが起きたのは、 bib ファイルを Dropbox に置いて、それを Ubuntu と Windows のJabRef から利用しているためです。
リンクしたファイル名を見ると
Ubuntu:    /home/username/Dropbox/...
Windows: /Users/username/Dropbox/...
となっています。したがって、他のOS でリンクしたPDF を探すことはできないわけです。

JabRef は Ubuntu, Windows, Mac に対応しているのですが、リンクしたPDF ファイルについてはこの問題がありました。
解決法がありましたら、教えていただけたら幸いです。

文献管理 JabRef を使っていて、登録したPDFファイルを開くとドキュメントセンターで開かれる。
Acrobat Reader9 で開くように設定できないか google で検索したところ次が見つかった。

Ubuntuで文献管理。JabRefからPDF-XChange Viewerを呼び出す
http://d.hatena.ne.jp/powerarrow/20091215/1260883437

これを参考にして解決できた。

JabRefを起動
Options > Manage external file types > PDFをダブルクリック。
Applicationを acroread　に変更。