返信ありがとうございます。
ただ、多分問題がうまく伝わっていないかもしれません。

シャットダウンコマンドの発行はsshなりリモートデスクトップ
なりで如何様にもなります。シャットダウンのしかたではなく、
どうすればうまくシャットダウンするかです。
追加で検証した結果、もう一度まとめると次の通りです。


・wolをBIOSで有効にした状態でかつ、ubuntuからシャットダウンを行っても、シャットダウン後勝手に起動してきてしまう

・ubuntuからでもLanケーブルがささっていなければ、再び差すまで起動しない。
  ケーブルを差しなおすと数瞬後に起動します。
  その為、wolそのものは動いているようです。
  おそらくマジックパケット以外にも全てのパケットに
  反応してしまっているようです。

・aptでとれるカーネルはいくつか試したがかわりはない。

・BIOSをアップデートしてみたがやはり効果はない。

・windowsからのシャットダウンは問題なくでき、前の投稿のようにwolからの起動も問題ない。
  リモートからもローカルからでもシャットダウンできます。
  つまり理想通りうまく動きます。
  したがってハードそのものの欠陥ではないと思います。


挙動的になんとなくnicドライバの問題ではないかと思うのですが…。
ただ、解決法が分かりません。そもそも解決法が今のところ
あるのかどうかもよくわからないので意見をお聞きしたいのです。

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お二方、ご助言ありがとうございます。
いろいろ試した遅くなってしまいました。

まずBIOSの設定(確かに正確にはUEFI BIOSでした)ですが、
メニューにある電源管理関係の設定は、acpiではなくapmと
記載されておりました。
詳細→apmにある、PCI及びPCIEによる電源ON、という項目を
有効(enable)に設定しています。これを無効にすると、
windowsでもwolが効かなくなるのでこの項目であることは
確かなように思えます。
それとは別に、CPUの電源管理という項目でc1eサポートを有効、
c3レポートを有効にしています。
http://ninnin.in/system/asus-p9x79-wake-on-lan/
型番は異なりますが、こちらのサイトにある設定と概ね同じです。

BIOSで上記を無効にすると、参考URLのように
ethtoolから設定してもwolでの起動は両osともしませんでした。

「Ethernetケーブルを繋がない状態でシャットダウンして、シャットダウン後にあらためてケーブルを挿し直す」
を行うと、上記設定がなされている場合は、
さした直後に起動しました。(なのでマジックパケット以外で
起動しているのかなと思った次第です)

それと言い方がよくわからなかったかもしれませんが、
wanごしというのはVPNからの起動ですので、
多分セキュリティはそこそこ大丈夫かなと思っています。

YesKah による投稿:

hito さん、YuuTKN さん、こんにちは。　ちょっといらぬおせっかいかも知れません。

YuuTKN さんが何をもって「利便性」と考えているか不明ですが、マジックパケットで簡単に起動するようなＰＣは、
悪いことの踏み台にされる可能性もあるので危険だと思います。　普通のＰＣは、ＷＯＬを使えるようにはなっていても
今は結線されていない（無効化されている）ものが多いようです。

そんなことはないです。最新のマザーボードでも物理的にWake On Lanが無効化されているマザーは見たことがありません。それに、自前でサーバーを運用する身としては、WOLが使えないと困ります。

更に、WOLは通常ネットワークを超えて送信することは不可能なので、セキュリティの甘い、常時稼働のVPNでも動いてない限り、遠隔によるWOLを用いた踏み台化は不可能です。（そもそも、OSのセキュリティも突破しないといけません。）

もっと建設的な意見をすべきではないでしょうか？