firefoxのツール→アドオン→プラグインと辿れば、一覧が表示され「常に有効化」になっているので、それを無効に設定すれば目的は達成されませんか。

Firefoxのプラグインを削除するには、
プラグインが含まれているパッケージを削除する必要があります。

例えば、私の環境（Ubuntu 13.10 + Firefox 25.0.1）には、

DivX® Web Player

というプラグインが有りますが、これを削除するには、

メニューバーの「ツール」 ＞ アドオン ＞ プラグイン

を表示して、DivX® Web Playerの詳細をクリックし、
ファイル名を確認します（libtotem-mully-plugin.so というファイル名でした）。

次に端末を起動して、

locate libtotem-mully-plugin.so

と実行すると、どこにそのファイルがあるか分かります。
ファイルパスが表示されたら、それをコピー＆ペーストして、
端末でdpkgコマンドを実行してパッケージ名を調べます。

dpkg -S /usr/lib/mozilla/plugins/libtotem-mully-plugin.so

すると含まれているパッケージ名（今回は totem-mozilla）が判明するので、
端末やSynaptic パッケージマネージャで削除すれば完了です。

sudo apt-get remove totem-mozilla

aaabbbcccdddeeefffggghhhさん、
回答をありがとうございます。教えて頂いた操作を行いたいと思いますが、ちょっと確認させて下さい。
Pluginsの削除といってもそのアプリケーション自体は削除しないんですよね。
例えば、私はWindows７のFirefox（FF)の中にVideoLAN（VLC media player）のPluginが入っていました。しかし、私は手動でVLCのPluginを削除しました。つまりFFのPluginsのリストからVLCのPluginを「無効」に設定ではなく、リストから「削除」したのです。リストからVLCの名前がありません。
しかしながら、ビデオをPCで見るときはVLCを立ち上げて通常通り見る事が出来るのです。つまり私はVLCのアプリケーションを削除はしていません。ただ、FFとVLCのリンク・コネクションを完全に外しただけなのです。これを私はPluginのリストから「削除」といっているのです。
aaabbbcccdddeeefffggghhhさんの方法でそのアプリケーションは削除しないで、FFとのリンク・コネクションを外すことが出来るのでしょうか？
その確認をさせて下さい。度々の質問に申し訳ありませんが、よろしくお願いします。

aaabbbcccdddeeefffggghhhさん、
早々の回答をありがとうございます。また、非常に丁寧な説明に感謝します。早速教えて頂いた操作をしてPluginsのリストを「きれい」にしたいと思います。
再三の回答を本当にありがとうございました。

皆さん、ありがとうございました。
無事、不必要なPluginsを削除できました。おかげで「きれいな」Pluginsリストになりました。２～３のPluginsだけでそのすべてがActiveです。
おさらいですが、
１）
FFを立ち上げてプラグインのファイルパスを「about:plugins」で見る。
２）
FFを終了して、そのひとつひとつのファイルを削除する、あるいはファイル名を変える。私は念のため*****.soというファイル名を*****.bakに変えました。私がWindows7でやったように、ファイル名の最初に大文字のXを付け加えただけでは「X*****」ダメでした。
３）
locate pluginreg.dat
とタイプしてpluginreg.datの場所を見つけ、このファイルを削除する。FFは立ち上げた時にこのデータファイルを読み込んでPluginsのリストを表示するので、このファイルを削除しないと元のリストのままになってしまいます。このファイルは削除しても、FFを起動させた時にまた作成されます。

私がWindows７で施した方法とほとんど同様な処理をすればよかったんですね。いずれにしても皆さんありがとうございました。