ddコマンドでusbに書き込んだものをつかいました。

とありますが、インストールディスクにはならないと思います。「Usbメモリ」を使われるのであれば、Windowsでも書き込み可能な「Unetbootin」を使用し
書き込み後、インストールを実行してみてください。

EFIパーティションにubuntuディレクトリがあると言う事はインストール自体はUEFIで行われている様に思えます。
しかし、その中にあるローダーはbootx64.efiではなく、grubx64.efiやshimx64.efiだと思います。
又、ブートエントリーはubuntuが登録されていないばかりか、Windows BootManagerすら登録されていません。

Bootcurrent0005
Bootorder : 0005,0001,0000,0004,0002
Boot0000* HDD/SSD
Boot0001* ODD
Boot0002* LAN2
Boot0003* LAN1
Boot0004* LAN1
Boot0005* USB Memory

ハードウェアデバイスしか登録されていない不思議な状態。

ブートエントリーを追加して再起動しても結果は変わらず、windowsのみが起動します。

これを実施した時に、登録した物がブートエントリーに表示されていましたか?
又、/boot/efi/ubuntu/grubx64.efiかshimx64.efiを指定しましたか?

何とも言えない状態なのですが、とりあえずLiveイメージのgrubからハードディスク上のubuntuが起動できるか確認してみてください。
1. USBのLiveイメージから起動してgrubメニューが現れたら"ESC"を押す。
2. grub> のプロンプトになったら以下のコマンドを実行する。

grub> search -f /boot/grub/grub.cfg
出力例: hd1,gpt2 cd0 (grub.cfgの存在するパーティションが表示される)

grub> configfile (hd1,gpt2)/boot/grub/grub.cfg
hd1,gpt2は例であり、今回提示されている情報を見ると、USBとそれ以外1つしか出力されないと思います。
英語キーマップとなるので、記号の入力には注意が必要。

これでハードディスクからデスクトップまで起動できる様ならば、ログインして端末を開き、以下のコマンド出力を提示してみて下さい。
何か解るかもしれません。

$ uname -r
    これは必要ない情報なのですが、ちょっと気になる事があるので。
$ df -h
    /boot/efiがマウントされているか確認
$ sudo parted -l
    ubuntu側からのパーティション認識状況
$ dpkg -l | grep grub
    インストールされているgrubのパッケージ情報
    (grub-pcパッケージが存在しない事)
$ ll /boot/efi/EFI
    EFIシステムパーティション上のディレクトリ情報
$ ll /sys/firmware/efi
    認識情報

$ df -h
Filesystem      Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/sda8        50G  3.3G   44G   7% /
udev            3.9G  4.0K  3.9G   1% /dev
tmpfs           1.6G  892K  1.6G   1% /run
none            5.0M     0  5.0M   0% /run/lock
none            3.9G   76K  3.9G   1% /run/shm
/dev/sda2       256M   50M  207M  20% /boot/efi

$ sudo parted -l
モデル: ATA TOSHIBA MQ01ABD1 (scsi)
ディスク /dev/sda: 1000GB
セクタサイズ (論理/物理): 512B/4096B
パーティションテーブル: gpt

番号  開始    終了    サイズ  ファイルシステム  名前                  フラグ
1    1049kB  473MB   472MB   ntfs              Basic data partition  hidden, diag
2    473MB   746MB   273MB   fat32             Basic data partition  boot
3    746MB   880MB   134MB   ntfs              Basic data partition  msftres
4    880MB   216GB   215GB   ntfs              Basic data partition
5    216GB   868GB   652GB   ntfs
7    868GB   921GB   53.7GB  fat32
8    921GB   975GB   53.7GB  ext4
9    975GB   984GB   8594MB  linux-swap(v1)
6    984GB   1000GB  16.6GB  ntfs              Basic data partition  hidden, diag

$ dpkg -l | grep grub
ii  grub-common                                 1.99-21ubuntu3.10                       GRand Unified Bootloader (common files)
ii  grub-efi-amd64                              1.99-21ubuntu3.10                       GRand Unified Bootloader, version 2 (EFI-AMD64 version)
ii  grub-efi-amd64-bin                          1.99-21ubuntu3.10                       GRand Unified Bootloader, version 2 (EFI-AMD64 binaries)
ii  grub-efi-amd64-signed                       1.9~ubuntu12.04.4+1.99-21ubuntu3.10     GRand Unified Bootloader, version 2 (EFI-AMD64 version, signed)
ii  grub2-common                                1.99-21ubuntu3.10                       GRand Unified Bootloader (common files for version 2)

$ ll /boot/efi/EFI
合計 24
drwxr-xr-x 6 root root 4096 12月 14 06:09 ./
drwxr-xr-x 3 root root 4096  1月  1  1970 ../
drwxr-xr-x 2 root root 4096  5月 15  2013 Boot/
drwxr-xr-x 3 root root 4096  5月 15  2013 Microsoft/
drwxr-xr-x 3 root root 4096  5月 15  2013 toshiba/
drwxr-xr-x 2 root root 4096 12月 14 06:09 ubuntu/

$ ll /sys/firmware/efi
合計 0
drwxr-xr-x  4 root root    0 12月 14 15:35 ./
drwxr-xr-x  5 root root    0 12月 14 15:35 ../
drwxr-xr-x  2 root root    0 12月 14 15:35 efivars/
-r--------  1 root root 4096 12月 14 15:35 systab
drwxr-xr-x 69 root root    0 12月 14 15:50 vars/

というような感じになりました。

sudo apt-get --reinstall install grub-efi-amd64
を実行した結果エラーなく終了したので再起動しましたがやはり起動できませんでした。
biosの起動時に選択画面を開いてもやはりubuntuの項目はありませんでした(windows もない)。

そこでusbでライブを起動してefibootmgrで確認してみたところ

efibootmgr
BootCurrent: 0006
Timeout: 1 seconds
BootOrder: 0006,0007,0005,0001,0000,0004,0002
Boot0000* HDD/SSD
Boot0001* ODD
Boot0002* LAN2
Boot0003* LAN1
Boot0004* LAN1
Boot0005* Windows Boot Manager
Boot0006* USB Memory
Boot0007* ubuntu

となっていました。


起動できないのはやはりハードウェアの問題なのでしょうか？

見間違えてました。

そこでusbでライブを起動してefibootmgrで確認してみたところ

efibootmgr
BootCurrent: 0006
Timeout: 1 seconds
BootOrder: 0006,0007,0005,0001,0000,0004,0002
Boot0000* HDD/SSD
Boot0001* ODD
Boot0002* LAN2
Boot0003* LAN1
Boot0004* LAN1
Boot0005* Windows Boot Manager
Boot0006* USB Memory
Boot0007* ubuntu

USBで起動しているのでBootCurrent: 0006 BootOrder: 0006,.....となっていますが、USB起動ではない場合でこの状態を見れば、きちんとBootOrder: 0007(ubuntu),0005(Windows)になっていますね。
BootOrder的にはWindowsより先にubuntuがセットされています。
原因が何処にあるのか、ちょっと解りません。
やはり、BIOSの中にある設定を説明書片手に詳しく確認していくのが良いと思います。
メーカーがインストールしているWindows用ユーティリティーも確認した方が良いと思います。

探しているのですがそれらしきものがみあたりません。
もう少し探してみるつもりですが、試してみたものを書きます。


・win8 でshift＋再起動で、デバイスを使用するを選びそこにubuntuというのがあったので選択すると再起動後通常のwin8が起動した。live usbを指しているとその項目も出て、それを選択すると起動できる。

・efiパーティションにあるubuntu以外のフォルダおよびディレクトリをバックアップを取り削除し再起動すると、メーカーのロゴマークが出てきたところで止まってしまう。

今発売中のうぶまがのあわしろさんのロードテストで boot repair の事を知っていたのでチェックしたところ boot-repair-disk を見つけました。

間違いです。

ubuntu magezine japan 2013 summer であわしろさんがロードテストで boot repair を使っていましたのでチェックしたところ boot-repair-disk を見つけました。

katsu07さん、makopiさんありがとうございます。
デュアルブートできるようになりました。

boot-repair-diskに関してなのですが、ubuntu以外でも使えるのでしょうか？

自分の場合、CSM(Legacy) モードで USB 接続のケース (中身はSDD) をつなげて起動させていますよ。
UEFIモードとの切り替えが面倒でなかったらこちらの方が取り扱いが楽かもしれません。（他のPCにもつなげられるという意味で）

hatchi が使いやすいと思った方法で楽しんでください。

Ubuntu が起動した時を思い出していただいて・・・。
普通に考えて SATA HDD を native に使うよりは遅くなるでしょう。（SATA←→USB 変換している訳ですから）
あとは、hatchi さんが許容できるか否かだと思います。
参考までに、
USB-HDD はデータ保存用の物しか持っていないので、30.3GB のファイルをコピー（書き込み）した際に要した時間は 6分32秒でした。
hatchi さんのお手持ちのものと比較してみてください。