'Configure Wine'か「Wineの設定」と書かれたアプリがないでしょうか?
そこから、
ドライブ→追加→パス内の参照→USBメモリのマウント先を選択
としてやれば良いのではないでしょうか?

Dでもなんでも構いませんよ。
勘違いされてるかもしれませんが、Linuxではドライブレターは使用しません。
/から始まるディレクトリツリーに「マウント」という挿し木のようなことをして、各種デバイスやストレージにアクセスします。
Ubuntu 12.04 だと、USBメモリは/media/(ボリュームラベルorシリアル番号)にマウントされます。

仮にドライブレターD:を追加したとします。これはWineがWindowsアプリをだますために用意したものなので、
実際にD:がどこを指すのかはWineが決めます。
今回の場合ですと、このD:がUSBメモリを指すように設定すれば、Wine上で動いているWindowsアプリから、
D:として「(Wineに騙されて)見えている」USBメモリにアクセスできますよね?

D:がどこを指すのかは、最初の回答にあります「参照」というボタンを押して設定します。
Windowsでも似たようなのがあるディレクトリーの選択画面が出ると思うので、
/media/(ボリュームラベルorシリアル番号)
を選択してやれば、D:がUSBメモリを指すようになります。

wineのCドライブは~/.wine/drive_cです。~はホームディレクトリという意味です。
.から始まるディレクトリは隠しディレクトリなので、Nautilus(「ファイル」)でCtrl + Hで隠しファイルを表示させる必要があります。
(設定からも設定できます。)
drive_c以下はWindowsそのままなので、あとはもうお分かりかと思います。

WineHQというサイトでは、各バージョン、各ディストリで様々なアプリの動作報告が集められています。 http://www.winehq.org/
ただ、AL-Mailについてはエントリ自体がないのでバージョンアップで改善するのか、
あるいは、ワークアラウンドがあるのか、等々情報はないようです。
どうやら国内向けアプリな上に、メーラーはLinuxでもいろいろ種類があって代替が利くので仕方ない気がします。

ちなみに、ですが、
MozillaのThunderbirdというメーラーはWindows/Mac/Linuxに対応しているマルチプラットフォームなメーラーなので、
今回のようにWineで無理やり動かすということをせずとも、様々なOSで同じように利用できるので、いいのかなと思います。
有名どころではSylpheedなんかもありますね(操作性はAL-Mailに似てるかも?)。

AL-Mail on wineが使用に耐えないようであれば、Linuxでこれだ!と思える快適に使えるメーラーの模索をしてみてはいかがでしょうか。

popopopoonさん

Sylpheedが何となく良さそうかなと思いました。

これもいろいろと分からないことだらけですので、別スレで質問させていただこうと思います。