返信ありがとうございます。

>設定ファイルの netcam_userpass という項目
私もはじめここが関係しているのでは思ったのですがどうやらmotionが別ネットワークカメラにアクセスするときに接続先のカメラに対して
アクセス認証が必要な場合に設定するみたいです。

話は変わりますが、motionでは実現不可能と思い他のソフトを探すことにしました。するとMJPG-streamerと言うものを使ってみました。
結果なんと、上記でやりたかったとおりapacheを通してではなく直接webカメラストリーミングにアクセスしてもパスワード認証を掛けること
ができました。ここまではよかったのですがiPhoneのlivecamsというアプリを使ってライブ映像を観た場合、MJPG-streamerで認証設定を
していない場合はlivecams側でライブ映像を観ることができます。認証設定をした場合はlivecams側で認証情報を入力してもライブ映像が
観られません。どうやらlivecamsの認証機能はwebカメラ自体に対して認証設定がされている場合にのみ有効のようですね。

説明不足ですみません。流れとしては

motionを使って自宅外から家を監視したい
↓
映像の配信はapacheを使いjavaアプレットを埋め込んだページを公開することにより行う。
このページの説明にあるような方法です。
http://www.bird-soft.net/mt/2009/06/linuxwebmotion_1.html
↓
他の人に観られてもまずいので、公開ページへのアクセスはダイジェスト認証により行う
↓
どうせならiPhoneからも観れるようにしたいので、livecamsというアプリを使うことにした。
このアプリでは、ドメインとポート番号を指定することにより先ほど作成した公開ページにアクセスすることなしに
自宅の映像を観ることができる。つまり、ダイジェスト認証は意味なし。
↓
motionでは配信ポート8081自体に認証設定をすつことはできないので代わりにMJPG-streamerというソフトを使うことにした。

あっという間に、
・motion でストリーミングサーバに認証をかけられないか
　　↓
・LiveCamsで認証付きサーバにアクセスする方法
に話が替わってしまったのでなんですが、


調べてみたところ、motion の、 Git で、または SVN として配布されている最新版では、認証機能があるようです。
http://sourceforge.net/mailarchive/message.php?msg_id=28312511

http://www.lavrsen.dk/svn/motion/trunk/CHANGELOG

* Add authentication  methods 'Basic Authentication' and 'Digest Authentication'
     to the "Live Stream Server". (Michael Finsterbusch)
     http://www.lavrsen.dk/foswiki/bin/view/Motion/MotionStreamAuthPatch

現時点ではまだUbuntuのリポジトリには入っていないようなので、もしインストールするならば手作業になるでしょうが、可能なはずです。