今ひとつ私が理解しきれていないのもしれませんが・・・
テンプレートを作成後に各メモ側でノートを分類してはどうでしょうか。
私が使用しているのはtomboy 1.10.1です。

1. 「ケーキ屋の店員マニュアル」のテンプレートを作る。
2. 「バナナのたたき売り」のテンプレートを作る。
3. メモを作り、ノートに「ケーキ屋の店員マニュアル」を指定する。
4. 「ケーキ屋の店員マニュアル」のテンプレートに作成したメモのタイトルと同じ物を記述してリンクを作ると便利。
5. メモを作り、ノートに「バナナのたたき売り」を指定する。
6. 「バナナのたたき売り」のテンプレートに作成したメモのタイトルと同じ物を記述してリンクを作ると便利。

同じタイトルで違うノートに存在させられるか、リンクはどうなるか等は試していませんが・・・・
(少なくとも保存されているファイル名はランダムなUUIDの様な番号なので、重ならない?)
indicatorエリアのtomboyアイコンから全てのメモの検索を選べば、作成したテンプレートで分類されていると思います。
但しtomboyアイコンのメニューにテンプレートが表示されないのが難点。
(未分類のメモとテンプレートだけが表示される仕様が良かったと思う所)
私の場合はubuntu 12.04.4なので、unity-lens-tomboyをppaから導入してdashでも検索できる様にしています。
ubuntu 12.10だったか13.04だったかハッキリしませんが、その辺りからはunity-scope-tomboyとして標準提供されていたかと思います。
dashからだとテンプレートでも検索起動できます。

--note-pathオプションで切り替え。

同期機能を使わない前提ならば、ですが。

STGSAGWAN による投稿:

--note-pathオプションで切り替え。

同期機能を使わない前提ならば、ですが。

これが目的のものかもしれません

--note-path [PATH]
              Load/store note data in this directory.
を使ってみました。

me@pc:~$ tomboy --note-path Documents/20140319/
[INFO 20:51:09.579] Initializing Mono.Addins
[ERROR 20:51:09.870] Unparsable last-sync-date element in /home/aiva/.config/tomboy/manifest.xml

見事にエラーが出てしまいました。

hotohoto による投稿:

ところが、やってみると前と変わらず　tomboy のすでにあるノートがずらると並んでいる・・・

tomboyを終了せずに、tomboyコマンドを実行するとそうなります。

hotohoto による投稿:

--note-path [PATH]
              Load/store note data in this directory.
を使ってみました。

コード:

me@pc:~$ tomboy --note-path Documents/20140319/
[INFO 20:51:09.579] Initializing Mono.Addins
[ERROR 20:51:09.870] Unparsable last-sync-date element in /home/aiva/.config/tomboy/manifest.xml

見事にエラーが出てしまいました。

エラーではないです。
その状態でいつも通りにメモを作成すればよいです。

hotohoto による投稿:

array による投稿:

それは使っているアプリが違うと思います。Tomboyは付箋と代替として作られたものなので、ある程度まとまったら別のLibreOfficeなどに移すなりなんなりするものだと思います。

なんとなくわかります。
しかしながらじゃあ具体的にどうすればよいのでしょうか？
ある程度まとまったファイルは自分で考えるにして、
そのおいてあるディレクトリからどこかに移動させる？
xmlとかでぐちゃぐちゃなのでしょうから、すんなりと移動しちゃって大丈夫なのでしょうか？
あるいはコピーするとして機能するでしょうか？
移動先ではoptionとして
--note-path
を指定すればあ良いのでしょうか？

それとも全く別に
エクスポートさせて使うべきなのでしょうか？

べつのEverpadとかNixnoteのようなEvernote互換のような物を使うともっと楽だと思いますが、いかがでしょう？