hi-koike による投稿:

たとえば操作中の画面を図として示すような場合、

デスクトップのスクリーンショットを撮って使用するって事でしょうか？
そうであれば、ウィキメディアの以下のページが参考になるかもしれません。

Commons:ライセンシング
http://commons.wikimedia.org/wiki/Commons:Licensing/ja

Commons:Screenshots
http://commons.wikimedia.org/wiki/Commons:Screenshots

hi-koike による投稿:

全部を個別に調べて対応するのは難しそうなので、screenshot は使わない方が無難なのでしょうか？

いえ、問題ないでしょう。
大雑把ですが、オープンソースならオッケー、という考えで大丈夫だと思います。
ですので、

http://packages.ubuntu.com/

↑のサイトで検索対象をソースパッケージ名にして検索して、
ヒットしたらOK、といった判断基準でも十分だと思います。

気にする必要があるのは Adobe Reader のような、
企業が配布しているごく一部のアプリだけでしょう。

hi-koike による投稿:

実際の仕事（研究ですが）に沿って使い方を説明しようと思います。

使い方の説明って、アプリのインストール方法とか、起動方法とか、設定の変更方法とか、そういうのですよね？
Ubuntu のデスクトップもライセンスは GPLv3 ですので、
気にしなくて大丈夫だと思いますよ。