止まっていませんが。

検索対象のディレクトリーは何処にしたのですか？

検索対象を /home/ユーザー名　という風に明示してみてください。
あとログを出力できるようなので stderr から適当なファイル名を指定して、Index rebuild してみてください。
異常が出たらそのファイルを見れば良いと思います。

まだ全然教えていただいたことをやってないのですが、中間報告です。
コマンドでrecollindexを実施したら、
一応index作成できたみたいです。

終わりの方の出力だけ貼り付けます。

:3:../rcldb/rcldb.cpp:1352:Db::add: docid 540488 updated [/home/takashi/.goutputstream-8U1ABX|]
:3:../index/fsindexer.cpp:149:FsIndexer::index missing helper program(s):
lyx (application/x-lyx)
python:rarfile (application/x-rar)

:2:../utils/netcon.cpp:370:NetconData::send: send(12) errno 32 (Broken pipe)
:2:../utils/execmd.cpp:279:ExecWriter: data: can't write
:2:../index/indexer.cpp:305:ConfIndexer::createAspellDict: aspell buildDict failed: aspell dictionary creation command failed.
One possible reason might be missing language data files for lang = ja

Log取ってみましたが、特に特定のファイルで止まるわけではないようなので、
index作成時負荷を減らしてみようと思い
skippedpaths ~/.*
としたら今のところ止まってません。