自分の環境でアプリを特に追加していない状態の Ubuntu では正常に動作しています。
特にサーバダウンの報告もありません。
そのため、おそらく何か特定のアプリが追加しているサーバが問題を発生させている可能性がありそうです。

端末からsudo apt-get update  sudo apt-get upgradeを実行しても、９８％で止まってしまいます。

この状態で更に待つと進行し、最終的に何だかのメッセージが表示されます。これが原因のサーバです。
何かが分からない場合はそのメッセージ部分をこの投稿に貼り付けてみて下さい。何か分かるかもしれません。