Ubuntu 14.04 に Mathematica 9 をインストールして　日本語入力は解決したが、
Graphics3D の表示がおかしい現象をみつけたので報告します。

Plot3D[Sin[x]*Sin[y], {x, -Pi, Pi}, {y, -Pi, Pi}]

曲面が表示されない。同じような症状が現れるか情報をお知らせ願います。

なを、Ubuntu 12.04 + Mathematica 9 ではこのような症状は現れません。

今日(7/22/2014)、Mathematica 10 日本語版がリリースされたのでチェックしてみようと思います。
はたして解決されているでしょうか？