katsu07 さん　コメントありがとうございます。
dmraid関連が怪しそうですね。
Liveモード起動も試してみました。

今も試行錯誤中なんですが、現時点でわかっている事をまとめます。
・UbuntuのDVDからLiveモード（demoモード？）で起動してGpartedでボリュームサイズを確認すると
　やはり、約2.4TBのボリュームとして認識されてしまっています。
・試しにCentOS6.5をインストールしてみると、きちんとRAID5のボリュームすべての容量が認識します。
・CentOS7をインストールすると、RAID5のボリュームすべて認識するのですがインストール時にエラーでこけました。
どうやらdmraidのバージョンによって挙動が違うのかも？という事がわかっています。
しかも、必ずしも新しい方が安定している訳でもなく、現状ではCentOS6.5だけが正常にインストール出来た状態です。

現状のUbuntuが採用しているdmraidに問題がありそうな気がします。
もう少し原因や情報がまとまったらUbuntuの本家コミュニティーにフィードバックしたいので
何かしらヒントをお持ちの方がいらっしゃったら、些細な事でも良いのでコメントいただけると助かります。
この際なので、他のOSのインストールの結果も必要であれば試してみます。
よろしくお願い致します。

katsu07 による投稿:

この部分だけ見ると、単純にEFIで起動できてなくてGPTパーティションが作れない状態の様に見えます。
DVDから起動してwithout installを選び、gpartedで3TBを1パーティションで作れますか?

はい。3TBの1パーティションは作れているようです。

BIOSのレガシーモードは無効にしてかつEFI起動になっている事は確認しました。
（Linuxの起動画面も違うので見た目でも判断つきますね）
UbuntuのLiveモードからGpartedを見ると、RAID5ボリュームだけでなくdev/sda〜dev/sddまでの4台のHDDも見えていています。
こちらは約3TB（2.7TBぐらい）でパーティションが作られています。

ここがミソなんですが
・RAID5のボリューム　：　約2.4TB(2.1TBぐらい)
・dev/sda〜dev/sdd　：　約3TB(2.7TBぐらい)
という風に認識されていて、単体のHDDの方が容量が多く表示され、RAID5ボリュームの方が少なく表示されています。
なんか、桁落ちして少なく見えている様にも見えなくもなくもない雰囲気です。

ためしに、一旦FaceRAIDは解除してAHCIにすると普通にdev/sda〜dev/sddの4台のHDDが見えていて、
それぞれ約3TB（2.7TBぐらい）として普通に認識しているので、3TBの1パーティションは作れているようです。
ということで、EFI&GPTは正常に稼働していると思います。