いつも有用な情報をご提供いたただきありがとうございます。

Windows 7 をHost OS  としたVirtual  box4.1.28 のGuest　OSとしてUbuntu 13.04 を使用しております。
社内LAN（DNSサーバー１７２．２９.１２.XX）に接続し、社内で申請・取得したプライベートIPアドレス（１７２．29.7X.XX）　　を使用 し、Ubuntu からのインターネット接続は、Windows  とのブリッジングで行っております。
目的はSAMtools （http://sourceforge.net/projects/samtools/files/）をインストールしてLinux上で使用することなのですが、アプリケーション一般がインストールできない状況と見受けられ、可能ならばSynapticパッケージマネージャー経由で
Samtoolsを含めたアプリケーションのインストールが可能となる状況を作成したく、
ご相談させていただきます。

経緯としましては、Ubuntu   から　　Firefox    を介して直接SAMtools のホームページ（上記）        　　　でsamtools-0.1.19 を　アーカイブマネジャー　で開くと、
samtools-0.1.19.tar.bz2（読み込み専用）と上の帯に表示された画面の中に、
samtools-0.1.19.tar.bz2と下に書かれた箱の絵が出現し、
展開をクリックすると、
samtools-0.1.19と下に書かれたオレンジのファイルの絵の横に変わり、展開はされるように見えます。
しかし、読み込み専用のためか、このファイルをWindowsとの共有ファイル（/media/sf_shered）
へ移動し（/media/sf_sheredの中にsamtools-0.1.19と下に書かれたオレンジのファイルの絵
がある状態）

$ cd /media/sf_shared　　　　　　
/media/sf_shared$ samtools　　#と入力すると

プログラム 'samtools' はまだインストールされていません。 次のように入力することでインストールできます:
sudo apt-get install samtools
/media/sf_shared$ sudo apt-get install samtools
[sudo] password for b:
パッケージリストを読み込んでいます... 完了
依存関係ツリーを作成しています               
状態情報を読み取っています... 完了
E: パッケージ samtools が見つかりません

となり、インストールができていないようでした。
なお、他のパッケージのインストールの可否の確認のため、Synaptic  パッケージマネージャーにつき、
sudo apt-get install synaptic　を以下のように行いましたが
/media/sf_shared$ cd
$ sudo apt-get install synaptic
パッケージリストを読み込んでいます... 完了
依存関係ツリーを作成しています               
状態情報を読み取っています... 完了
パッケージ synaptic はデータベースには存在しますが、利用できません。
おそらく、そのパッケージが見つからないか、もう古くなっているか、
あるいは別のソースからのみしか利用できないという状況が考えられます

E: パッケージ 'synaptic' にはインストール候補がありません

と表示され、インストールができませんでした。また、Ubuntuソフトウェアセンターからでも同様でした。（Ubuntuソフトウェアセンター→全てのソフトウェア
からSynaptic  パッケージマネージャー　　は検索すると表示され、詳細情報クリック→'"universe"   ソースから利用できます'と表示され、　'このソースを利用する'、をクリックすると、2ｰ3秒　進行状況の矢印が回転はするのですが停止し、進行状況をクリックすると　'キャッシュを更新しています　ソフトウェアセンターに問い合わせています'と表示され、以降は進行状況の矢印も表示されなくなってしまいました。）

3週間程度前までは、/media/sf_shared に展開したsamtools(バージョンが0.1.19であったかは確信がもてませんが、同じか近いバージョン）で、　　bam→sam　変換などに使用できていましたので、update  を試みましたが、以下の通りできませんでした。
~$ sudo apt-get update
エラー http://archive.canonical.com raring Release.gpg           
  172.29.12.XX:8080 (172.29.12.XX) へ接続できませんでした。 - connect (111: 接続を拒否されました)　
エラー http://security.ubuntu.com raring-security Release.gpg   
  172.29.12.XX:8080 (172.29.12.XX) へ接続できませんでした。 - connect (111: 接続を拒否されました)
エラー http://security.ubuntu.com raring-security Release.gpg   
  172.29.12.XX:8080 へ接続できません:
エラー http://apt.ubuntu.com Raring Release.gpg                 
  172.29.12.XX:8080 (172.29.12.XX) へ接続できませんでした。 - connect (111: 接続を拒否されました)
エラー http://jp.archive.ubuntu.com raring-updates/main Release.gpg
  172.29.12.XX:8080 (172.29.12.XX) へ接続できませんでした。 - connect (111: 接続を拒否されました)
エラー http://jp.archive.ubuntu.com raring-updates/universe Release.gpg
  172.29.12.XX:8080 へ接続できません:
エラー http://ubuntu.sastudio.jp raring Release.gpg             
  172.29.12.XX:8080 (172.29.12.XX) へ接続できませんでした。 - connect (111: 接続を拒否されました)
エラー http://ubuntu.sastudio.jp raring-backports Release.gpg   
  172.29.12.XX:8080 へ接続できません:
エラー http://extras.ubuntu.com raring Release.gpg               
  172.29.12.XX:8080 (172.29.12.XX) へ接続できませんでした。 - connect (111: 接続を拒否されました)
エラー http://extras.ubuntu.com raring Release.gpg               
  172.29.12.XX:8080 へ接続できません:
エラー http://ubuntu.sastudio.jp Raring Release.gpg             
  172.29.12.XX:8080 へ接続できません:
エラー http://ubuntu.sastudio.jp raring-updates Release.gpg
  172.29.12.XX:8080 へ接続できません:
エラー http://old-releases.ubuntu.sastudio.jp Raring Release.gpg
  172.29.12.XX:8080 (172.29.12.XX) へ接続できませんでした。 - connect (111: 接続を拒否されました)
パッケージリストを読み込んでいます... 完了               
W: http://ubuntu.sastudio.jp/ubuntu/dists/raring/Release.gpg の取得に失敗しました  172.29.12.XX:8080 (172.29.12.XX) へ接続できませんでした。 - connect (111: 接続を拒否されました)

W: http://ubuntu.sastudio.jp/ubuntu/dists/raring-backports/Release.gpg の取得に失敗しました  172.29.12.XX:8080 へ接続できません:

W: http://archive.canonical.com/ubuntu/dists/raring/Release.gpg の取得に失敗しました  172.29.12.XX:8080 (172.29.12.XX) へ接続できませんでした。 - connect (111: 接続を拒否されました)

W: http://extras.ubuntu.com/ubuntu/dists/raring/Release.gpg の取得に失敗しました  172.29.12.XX:8080 (172.29.12.XX) へ接続できませんでした。 - connect (111: 接続を拒否されました)

W: http://security.ubuntu.com/ubuntu/dists/raring-security/Release.gpg の取得に失敗しました  172.29.12.XX:8080 (172.29.12.XX) へ接続できませんでした。 - connect (111: 接続を拒否されました)

W: http://old-releases.ubuntu.sastudio.jp/ubuntu/dists/Raring/Release.gpg の取得に失敗しました  172.29.12.XX:8080 (172.29.12.XX) へ接続できませんでした。 - connect (111: 接続を拒否されました)

W: http://ubuntu.sastudio.jp/ubuntu/dists/Raring/Release.gpg の取得に失敗しました  172.29.12.XX:8080 へ接続できません:

W: http://apt.ubuntu.com/p/synaptic/dists/Raring/Release.gpg の取得に失敗しました  172.29.12.XX:8080 (172.29.12.XX) へ接続できませんでした。 - connect (111: 接続を拒否されました)

W: http://security.ubuntu.com/dists/raring-security/Release.gpg の取得に失敗しました  172.29.12.XX:8080 へ接続できません:

W: http://extras.ubuntu.com/dists/raring/Release.gpg の取得に失敗しました  172.29.12.XX:8080 へ接続できません:

W: http://jp.archive.ubuntu.com/dists/raring-updates/main/Release.gpg の取得に失敗しました  172.29.12.XX:8080 (172.29.12.XX) へ接続できませんでした。 - connect (111: 接続を拒否されました)

W: http://jp.archive.ubuntu.com/dists/raring-updates/universe/Release.gpg の取得に失敗しました  172.29.12.XX:8080 へ接続できません:

W: http://ubuntu.sastudio.jp/ubuntu/dists/raring-updates/Release.gpg の取得に失敗しました  172.29.12.XX:8080 へ接続できません:

W: いくつかのインデックスファイルのダウンロードに失敗しました。これらは無視されるか、古いものが代わりに使われます。

上記のエラーメッセージ　
172.29.12.XX:8080 (172.29.12.XX) へ接続できませんでした。 - connect (111: 接続を拒否されました)　
が、重要と思われますが、どのような機序で起きるのでしょうか。
なおこの172.29.12.XXは、最初の記載の通りDNSサーバーのアドレスで、８０８０はポート番号と思われますが、これは仮（不正確である可能性が高い）で、正確な確認方法についてもご教示いただけますと誠に幸いです。


以下4点ご参考になれば幸いです。
参考1

/etc/apｔ/apｔ.conｆ　は
Acquire
{
  http
  {
    Proxy "http://USERNAME:[email protected]:8080";
  }
}

としており、samtoolsが使用できていた頃の状態は不明ですが、インストールできなくなってから
何も書かれていないことに気づき、書き込みましたが、ここが間違っているのではないかと考えております。

参考2
/eｔｃ/resolV.conf　は 一度　

domain  xx.xxxxxxxxx.ac.jp
nameserver 172.29.12.XX

と書き換えましたが、再起動で元に戻ってしまったこともあり、以下のままです。（nameserverを末尾に記載してありますがこのままでよいのかご教示いただけますと幸いです。）

# Dynamic resolv.conf(5) file for glibc resolver(3) generated by resolvconf(8)
#     DO NOT EDIT THIS FILE BY HAND -- YOUR CHANGES WILL BE OVERWRITTEN
nameserver 127.0.1.1　　

参考3
システム設定→ソフトウェアとアップデート、ubuntuのソフトウェアのタブでは、
上の4項目（main,universe,restricted,multiverse)　　をチェックし、
ソースコードは何もチェックなし、
ダウンロード元は　最適なサーバを探す　を行った結果、
http://ubuntu.sastudio.jp/ubuntu
としております。

他のソフトウェア　のタブでは
canonial のパートナーとそのソースコード、
独立（　Release.gpg）とそのソースコードの他、
追加で
http://old-releases.ubuntu.sastudio.jp/ubuntu　Raring Ringtail universe(ソースコード）
http://ubuntu.sastudio.jp/ubuntu　Raring Ringtail universe(これのみと（ソースコード））
http://apt.ubuntu.com/p/synaptic　Raring Ringtail universe(これのみと（ソースコード））

を入れています。

アップデートタブは（raring-updates)のみチェックを入れています。

認証タブは5種類デフォルトの通りで
437D05B5　2004ｰ09-12
FBB75451　2004-12-30
C0B21F32　2012ｰ05-11
EFE21092　2012-05ｰ11
3E5C1192　2010-09-20

追加のドライバーは
inno Tek Systemberatuing GmbH: VirtualBox Guest Service
このデバイスは手動インスト－ルされたドライバーを利用しています。

とありますが、
手動インスト-ルされたドライバーを使い続ける
にはチェックを入れても消えてしまったので、チェックはいれず、

デバイスを使用しない　の欄のみに丸が入り、
欄外に　プロプライエタリなドライバーは使われていません。
と書かれています。

参考4　
$ df -h
Filesystem      Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/sda1        97G  3.2G   89G   4% /
none            4.0K     0  4.0K   0% /sys/fs/cgroup
udev            993M  4.0K  993M   1% /dev
tmpfs           201M  756K  200M   1% /run
none            5.0M     0  5.0M   0% /run/lock
none           1002M  352K 1002M   1% /run/shm
none            100M   96K  100M   1% /run/user
shared          857G  413G  444G  49% /media/sf_shared
/dev/sr0         51M   51M     0 100% /media/a/VBOXADDITIONS_4.1.28_89849
shared          857G  413G  444G  49% /media/sf_shared

とUSE％１００％があり、これも問題でしょうか。

全く不勉強で申し訳ありません。
ご教示よろしくお願いいたします。
（恐れ入りますがご返答には少しお時間を頂く可能性につきご容赦お願いいたします）