正しいやり方かどうかはわかりませんが、システム＞設定＞メインメニューから、該当のメニューを選択し、右クリックで削除できないでしょうか。

関連事項なので質問させてください。
引用の仕方がわかりませんので、申し訳ありませんが、フォーラムの初心者サポート欄に「アプリケーションメニューが開かなくなりました」のスレッドがありますので参照してください。

ここに、アプリケーションメニューにエントリーされたWine登録アプリケーションをメニュー編集プログラムから削除すると、applications.menuファイルが壊れるという私の経験も含めて複数の報告があります。

Y．さんがこれの投稿を見てくださればありがたいのですが、その後アプリケーションメニューに不都合は生じていないでしょうか。
また、削除に成功したアプリケーション名は日本語でしょうか１バイト文字のみの表記でしょうか。

Shibataさん。
私の経験では、Shibataさんがこのスレッドで示唆されたことと同様の操作を行うと、アプリケーション編集プログラムがフリーズして、applications.menuファイルの中身が消失してしまいます。
先ほど英文フォーラムを少し検索してみましたが、同様のトラブルは報告されていないように思います。
私の場合、削除を試みたアプリケーション名は日本語でした。
日本語のWindowsアプリケーションの名前がちゃんとメニューに表示されると言うことは、Wineによって文字コードの変換が行われているのであると思います。
私はプログラミングのことはよくわかりませんが、おそらくメニュー編集プログラム（alacarte)は文字型変数としてアプリケーション名をinputして表示していると思います。
削除作業を行った時に、アプリケーション名が２バイト文字の場合、この変数に何か不一致が生じているのではないかと想像しましたが、もしも何かわかっていることがあればご教示ください。