書き忘れてました。
取り込もうと思ったのは、そのままcdに書きだせば、起動CDになるのではないかと考えたからです。
freedosのみのイメージなら焼けばいいだけですが、imgファイルにファイルをいくつか追加しようとすると、うまくいかないのでこうしようと考えました。

すみません。自己解決できました。
はじめからやり直そうと思い、freedosのfdboot.imgをダウンロード及びマウント
必要なファイルを追加、アンマウント
virtualbox（windows7）にて変換ツールfdtoiso_guiを起動（wineでも動きますがドロップができず、追加するメニューもなしなので続行できず）
fdイメージをisoイメージに変換、fdboot.isoを作成
cdに書き込み、再起動で無事freedosを起動、追加ファイルも確認できました。

やはり単純にイメージのコピーだからだめだったんですね。
ubuntuでいろいろ探しましたが、変換ツールは探せませんでした。

いろいろお邪魔しました。