使用した事がないですが、Ubuntu Magazine 05の情報ですと
Avidemuxはファイルの前後をカットに特化したソフトのようです。

PiTiVi動画エディタが良いかと、「ubuntu-restricted-extras」パッケージを
インストールするとコーデックが追加され、色々出来るようになります。
使用して４日なのでaviファイルしか編集してませんので、他のファイルは解りませんが・・・

半年前の記事ですが、同じようなことをする方は多いかと思うので書いておきます。

最初に念の為訂正しておきますが、「h264のwmv」というものは私の知る限りでは存在しません。

さてAvidemuxですが、クラッシュの原因としてはスペック不足か(以前使っていた850MHz,128MBのノートではクラッシュが多発していました。現在2.4GHz,swap含め487MBの環境で全く問題ありません）H.264とAvidemuxの相性かと思われます。
ただセーフモードを使えばおおむね問題はないかと思われますし、動画のカット編集を行う上で選択肢はほとんどAvidemuxしかないので、スペック的にどうしても問題があるようなら一度何らかの形式（無劣化にこだわるならHuffyuvなどの可逆形式）に変換するしかないと思われます。
音ズレの方は複数動画を結合する際にフレームレートが違うと起こりやすいようです。その場合、素材動画を切り出すときに映像形式をコピー以外（MPEG-4 AVCというのがh264です）にして、フィルタのResample fpsでフレームレートを指定して、素材動画すべてが同じフレームレートになるようにしてください。単独の動画を切り出す上で起きる場合はわかりませんが、フィルタなどでなんとかなる気がします。
そのほかに失敗の原因で最も多いのは、映像形式、音声形式、コンテナ形式と拡張子のミスマッチです。
特に形式と拡張子が合わないと再生出来なかったり、私の環境ではなぜか00:01:30程度の動画が189:40:00などと認識されたりします。
またコンテナが対応していない映像・音声形式だと問題が起きたりしますが、mp4やaviならだいたい平気です。
あと、少なくともH.264の場合キーフレーム以外を始点に指定（かなり高確率でなりますが）すると映像形式がコピーだと失敗します。その為スペックによって多少時間はかかりますが映像形式をMPEG-4 AVCなどと指定しておいたほうがいいかと思います。

あと、切り出しも結合もffmpeg単独でできるようですが、特に切り出しはコマンドラインでやるのは厳しいかもしれませんね。
念の為書いておくと、分割が
$ ffmpeg -i hoge.mp4 -ss **:**:**.**（開始時間） -t **:**:**.**（開始時間からの長さ） <その他オプション> output.mp4
hoge.mp4の後にhoga.mp4を結合する場合
$ ffmpeg -i hoge.mp4 -i hoga.mp4 <オプション> output.mp4
hoge001.mp4〜連番ファイルを順番につなげる場合（%03dについて詳しくは書式指定文字列で検索を）
$ ffmpeg -i "hoge%03d.mp4" <オプション> output.mp4
だったはずです。

＞h264のavi,mp4,wmv,のようなファイルを編集しようとしてもクラッシュしたり、編集後のファイルが音ズレが酷かったりと、上手く行かないことが殆どです。

　おそらくパソコンのスペック不足や編集ソフトの不具合が原因。
　
＞私が行う作業は不要な部分をカットし必要な部分のみを結合するのみで、他の機能は一切必要としません。
　Ubuntu10.10で使用でき、上記のファイルを無劣化でカット・結合出来る動画編集ソフトがあれば教えていただきたいです。
　よろしくおねがいします。
　
　カット編集ですね。
　https://forums.ubuntulinux.jp/viewtopic.php?id=10590
　http://www.video-converter.jp/video-editor-tips/cut-video.html
　などをよく読むといいでしょう。二番目は自分の使っているソフトです。
　自分のサブの低スペックノーパソでも動画結合・動画文字入れ・動画バックミュージックは普通にできる。
　使用メインソフトは。
　スーパーメディア変換
　動画編集プロ
　Photostage
　使用サブパソコンはwindows7・32bit版・CPU：1.46Ghz・メモリ2GB

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