Ubuntuを遠隔操作できるようなアプリケーションを導入していませんか？
また、対処法として外部からのアクセスをファイアウォールで遮断するのはどうでしょうか。
http://sicklylife.at-ninja.jp/memo/ubuntu1404/gufw.html
ファイアウォールについてはこのサイトが分かりやすいです。

連投失礼します。
ブログのいつもと違うダイアログとは、どんな内容でしょうか。
また、HDDの異音から考えると、HDDが劣化しデータが破損しているという可能性もあります。

当然やってるとは思うけど、念のため。
ufw は設定してる？

ターミナルから
sudo ufw status
ていれてみて。パスワード入れて、
アクティブと出ればok だけど。
余計なことする前に、ufw 入れないと。

このあたりに説明あるよ。
http://gihyo.jp/admin/serial/01/ubuntu-recipe/0076

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