ubuntu-tweakの件は解りません。
iconだけがおかしいと言うのであれば、icon cacheを作り直せば復帰するかもしれません。
virtualbox中のubuntu 14.04で実際にやってみました。
(iconがおかしい状況ではないので直ったか解りませんが、icon cacheはアップデートできた模様)

こんなコマンドがあります。

$ which update-icon-caches
/usr/sbin/update-icon-caches

$ man update-icon-caches
UPDATE-ICON-CACHES(8)       System Manager's Manual      UPDATE-ICON-CACHES(8)

NAME
       update-icon-caches - Update wrapper script for the icon caches

SYNOPSIS
       update-icon-caches directory [ ... ]

DESCRIPTION
       update-icon-caches  is a wrapper script for updating the icon caches in
       a list of directories.

       In each of the directories passed  as  arguments,  the  icon  cache  is
       updated  if  it  is  already  present. It is not created if it does not
       already exist.

       If the theme index file is not present, the icon cache is removed.

$ apt-file search /usr/sbin/update-icon-caches
libgtk-3-bin: /usr/sbin/update-icon-caches
libgtk2.0-bin: /usr/sbin/update-icon-caches

使っているthemeディレクトリにindex.themeファイルがあれば、そこにicon-theme.cacheファイルもあるので、それがアップデートされます。
最初に icon-theme.cache ファイルの容量や日付を確認しておけばアップデートされたか解り易いと思います。

例えば、themeディレクトリが /usr/share/icons/ubuntu-mono-dark/ だった場合。
$ sudo update-icon-caches /usr/share/icons/ubuntu-mono-dark