なかなかレスが付かないようなので、詳しいとは言えませんが、私の経験でお話しします。

”Mozcのところで決まってスキャンが停滞するようになった”とのことですが、
結論から言いますと、”フリーズしない限り、停滞はなにも問題はないでしょう”ということです。
ちなみに私のPCでは、現在Wineのところで数秒停滞します。

停滞の原因は？ということですが、申し訳ないですがよくわかりません。私としてはー
（ウィルスではないが）ウィルスに似たようなモノ（プログラムやファイル）がそこに幾つかあって、
しかもそのサイズがでかくて、時間がかかっているのでは、と解釈しているのですが・・・ー

また、”以前は停滞がなかったのに・・・”ということですが、ウィルス対策は日々変化しています。
日々新しいウィルスが作られ、日々その対策が施されてきています。
それがシグネチャーの更新として我々の所に届いています。
またソフトやアプリもさかんにアップデートが行われています。
その両方のバッティングの具合で、あったり無かったりするのではないかと、
これも私なりにかってに解釈しております。

以上、よく知りもしないで書いてしまいましたが、要は多少の停滞なら気にしないでいいのではということです。
わたしなりの解釈も参考のため書いておきましたが、間違っていましたらごかんべんください。