ファイル C を ディレクトリ （フォルダではなくディレクトリといいます） B の名前で A に置くと
ファイルとディレクトリ名がかぶっておけません。ですので新たにディレクトリを作成してそこに
全部置くようにします。

cd A
mkdir new
for dir in *
do
  cp $dir/C new/$dir
done

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* スクリプト作成と実行手順 *
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(1)Desktop画面から（Ctrl+Alt+T）にて端末を起動する。
(2)ファイル移動スクリプト(File_ido.sh)の作成
端末画面内コマンド入力位置からキー入力、入力の最後はEnterで終わる。

gedit File_ido.sh

(3)gedit画面内で下記入力

----次の行のテキストから入力--------
#!/bin/sh
cd A
mkdir new
for dir in *
do
  cp $dir/C new/$dir
done
----上記の行までテキストから入力------

（注1）上記テキストをコピー＆ペーストでも良いです。
(注2) フォルダAがホームディレクトリ(home/ubuntu)以下に存在しない場合は
スクリプト6行目を、sudo cp $dir/C new/$dirに書き換えてください。

(4)geditメニュー ファイル(F)+保存(S)
(5)geditメニュー ファイル(F)+終了(Q)

(6)スクリプトファイルの実行権をFile_iso.shに付与する

chmod +x File_ido.sh

(7)File_iso.shの実行

./File_ido.sh

(8)実行結果の確認
newフォルダ下にファイル一覧が表示されたら完了

ls -l new

(9)端末の終了

exit