試しにfreshplayerpluginを削除して通常のflashplaugin-installerを入れたところ
こちらは問題なくフルスクリーンにできました。
chromeにて標準ではhtml5再生のみなので、アプリを追加して強制的にflash再生にしたところ
こちらは問題なくフルスクリーンにできました。（負荷はかなり上がりました）
ということはfreshplayerpluginがうまく機能してないということなんだと思いますが・・・
どうにかして古いバージョンをインストールできないでしょうか？

解決しました。
やはり？？？freshplayerpluginのバグのようです。
最新は0.2.4ですが、0.2.2を見つけ出しインストールしたところ、症状はでなくなりました。（ただ負荷は上がりました・・・）
とりあえずリポジトリからもチェックだけ外しておきました。
最後の更新前が結構軽かったので、どうにか0.2.3を探し出し試したいと思います。